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万見
- PDB-3fgs: Crystal structure of G65R/K206E double mutant of the N-lobe human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fgs
タイトルCrystal structure of G65R/K206E double mutant of the N-lobe human transferrin
要素Serotransferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / Human transferrin (トランスフェリン) / Iron binding protein / Dilysine pair / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Ion transport / Iron (鉄) / Iron transport / Metal-binding / Methylation (メチル化) / Phosphoprotein / Polymorphism / Secreted (分泌) / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / クラスリン / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / クラスリン / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / ferric iron binding / osteoclast differentiation / actin filament organization / Post-translational protein phosphorylation / ferrous iron binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Iron uptake and transport / regulation of protein stability / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / cellular response to iron ion / recycling endosome / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / antibacterial humoral response / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / blood microparticle / secretory granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / エンドソーム / endosome membrane / apical plasma membrane / 小胞体 / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / トランスフェリン / トランスフェリン / Transferrin-like domain profile. / トランスフェリン ...Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / トランスフェリン / トランスフェリン / Transferrin-like domain profile. / トランスフェリン / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
炭酸塩 / : / Serotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Halbrooks, P.J. / Mason, A.B. / Everse, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and Functional Consequences of the Substitution of Glycine 65 with Arginine in the N-Lobe of Human Transferrin.
著者: Mason, A.B. / Halbrooks, P.J. / James, N.G. / Byrne, S.L. / Grady, J.K. / Chasteen, N.D. / Bobst, C.E. / Kaltashov, I.A. / Smith, V.C. / Macgillivray, R.T. / Everse, S.J.
履歴
登録2008年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4313
ポリマ－37,3151
非ポリマー1162
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.347, 57.056, 133.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serotransferrin / Transferrin / Siderophilin / Beta-1-metal-binding globulin


分子量: 37315.344 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase S60 1 domain / 変異: G65R, K206E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRO1400, TF, transferrin / プラスミド: pNUT
発現宿主: Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)
株 (発現宿主): BHK / 参照: UniProt: P02787
#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン / 炭酸塩


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 200 mM potassium acetate buffer (pH 7.7) containing 10 mM KCl and 18% polyethylene glycol 3350. Concentration of the mutant was 17.5 mg/mL. Crystals appeared in approximately a week following ...詳細: 200 mM potassium acetate buffer (pH 7.7) containing 10 mM KCl and 18% polyethylene glycol 3350. Concentration of the mutant was 17.5 mg/mL. Crystals appeared in approximately a week following micro-seeding with wild-type N-lobe, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月7日 / 詳細: Xenocs FOX-2D Multilayer Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 29637 / % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.511
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.860.11327011.94987.2
1.86-1.940.0928191.92790.3
1.94-2.030.07728631.75391.9
2.03-2.130.07429081.8492.7
2.13-2.270.06229761.71394.4
2.27-2.440.05529991.49795.2
2.44-2.690.05230301.41595.9
2.69-3.080.04730891.31896.7
3.08-3.880.04331341.11297
3.88-300.04231181.09791.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 2976 9.4 %
Rwork0.216 --
obs-29542 93.6 %
溶媒の処理Bsol: 36.137 Å2
原子変位パラメータBiso max: 45.94 Å2 / Biso mean: 14.999 Å2 / Biso min: 5.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.057 Å20 Å20 Å2
2--0.768 Å20 Å2
3---0.288 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2557 0 5 269 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.2522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.1922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.8522.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3fe3.param
X-RAY DIFFRACTION4co3.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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