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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fay | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the GAP-related domain of IQGAP1 | ||||||
要素 | Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ALL ALPHA / Calmodulin-binding / Cell membrane (細胞膜) / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of dephosphorylation / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / podocyte development / slit diaphragm / GTPase inhibitor activity / MAP-kinase scaffold activity / fibroblast migration / S100 protein binding / Nephrin family interactions / neuron projection extension ...negative regulation of dephosphorylation / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / podocyte development / slit diaphragm / GTPase inhibitor activity / MAP-kinase scaffold activity / fibroblast migration / S100 protein binding / Nephrin family interactions / neuron projection extension / RHOV GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / RHOA GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of protein kinase activity / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of cytokine production / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / RAC1 GTPase cycle / regulation of mitotic cell cycle / cellular response to calcium ion / GTPase activator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / secretory granule membrane / マイクロフィラメント / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / small GTPase binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / actin filament binding / 遊走 / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / 細胞皮質 / midbody / 成長円錐 / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / 微小管 / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / calmodulin binding / neuron projection / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apical plasma membrane / 神経繊維 / protein domain specific binding / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kurella, V.B. / Richard, J.M. / Parke, C.L. / Bellamy, H. / Worthylake, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Crystal structure of the GTPase-activating protein-related domain from IQGAP1. 著者: Kurella, V.B. / Richard, J.M. / Parke, C.L. / Lecour, L.F. / Bellamy, H.D. / Worthylake, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fay.cif.gz | 91.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fay.ent.gz | 69.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fay.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fay | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44535.023 Da / 分子数: 1 / 断片: GAP-related domain (GRD) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ligation independent cloning vector / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQGAP1, KIAA0051 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)* / 参照: UniProt: P46940 |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 2000 methyl ether, 500mM MgCl2, 100mM Tris HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.97924, 0.97900, 0.92523 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月20日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 20692 / Num. obs: 20692 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 38.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→25 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS default
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.3 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
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