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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fa7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the apo R132K:R111L:L121E:R59E mutant of cellular retinoic acid-binding protein II at 1.90 angstrom resolution | ||||||
要素 | Cellular retinoic acid-binding protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CRABPII / retinoic acid (レチノイン酸) / retinoid (レチノイド) / Nucleus (Nucleus) / Retinol-binding / Transport / Vitamin A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, X. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structures of apo cellular retinoic acid-binding protein II mutants: Structural integrity investigated through multiple site mutations 著者: Jia, X. / Lee, K.S. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fa7.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fa7.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fa7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15497.628 Da / 分子数: 2 / 変異: R132K, R111L, L121E, R59E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: CRABPII-pET17b-KLE-R59E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P29373 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M BTP, 22% PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97869 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21661 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→35.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.001 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.853 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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