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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ewz | ||||||
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タイトル | human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with 5-cyano-UMP | ||||||
要素 | Orotidine-5'-phosphate decarboxylaseUridine monophosphate synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / decarboxylase (脱炭酸酵素) / tim barrel (TIMバレル) / unusual catalysis / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Disease mutation / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Multifunctional enzyme / Polymorphism / Pyrimidine biosynthesis / Transferase (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 授乳 / female pregnancy / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2009 タイトル: Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase 著者: Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ewz.cif.gz | 452.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ewz.ent.gz | 373.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ewz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/3ewz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/3ewz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28299.742 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 224-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) 参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CNU / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 1.8 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→46.08 Å / Num. obs: 193472 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.46 Å / 冗長度: 0.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 8026 / Rsym value: 0.378 / % possible all: 35.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.427 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.678 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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