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万見
- PDB-3l0n: Human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with 6-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l0n
タイトルHuman orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with 6-mercapto-UMP
要素Uridine 5'-monophosphate synthase
キーワードLYASE / Decarboxylase / Multifunctional enzyme / Pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain ...Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-sulfanyluridine-5'-phosphate / Uridine 5'-monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Heinrich, D. / Wittmann, J. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2009
タイトル: Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase
著者: Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2009年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年1月26日ID: 3EX5
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine 5'-monophosphate synthase
B: Uridine 5'-monophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3124
ポリマ－56,5992
非ポリマー7122
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.644, 62.165, 69.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase / Orotate phosphoribosyltransferase / OPRTase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMPdecase


分子量: 28299.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 224-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-S5P / 6-sulfanyluridine-5'-phosphate / 6-mercaptouridine-5'-monophosphate


分子量: 356.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9PS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ACCORDING TO AUTHORS, THE LIGAND S5P HAS DISTORTED GEOMETRY UPON BINDING TO THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1.8M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.762
11L, -K, H20.238
反射解像度: 1.74→34.65 Å / Num. obs: 53875 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 26.463 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 2192 / Rsym value: 0.575 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0041 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→34.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.147 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20737 2714 5 %RANDOM
Rwork0.18047 ---
obs0.18182 51149 96.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.011 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.35 Å20 Å214.96 Å2
2---14.23 Å20 Å2
3---19.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→34.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3944 0 44 262 4250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9915493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98536782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62123.964169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1115732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2451528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0260.222555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0210.242955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.742→1.787 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 153 -
Rwork0.385 2559 -
obs--65.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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