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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3em0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Zebrafish Ileal Bile Acid-Bindin Protein complexed with cholic acid (crystal form B). | ||||||
要素 | Ileal Bile Acid-Binding Protein | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Ileal bile acid-binding protein / zebrafish (Danio rerio) / cholic acid (コール酸) / Lipid-binding / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Recycling of bile acids and salts / Triglyceride catabolism / bile acid binding / fatty acid transport / fatty acid binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Capaldi, S. / Saccomani, G. / Fessas, D. / Signorelli, M. / Perduca, M. / Monaco, H.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: The X-Ray structure of zebrafish (Danio rerio) ileal bile acid-binding protein reveals the presence of binding sites on the surface of the protein molecule. 著者: Capaldi, S. / Saccomani, G. / Fessas, D. / Signorelli, M. / Perduca, M. / Monaco, H.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3em0.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3em0.ent.gz | 54.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3em0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3em0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3em0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the protein monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15191.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: fabp6, zgc:92421 / プラスミド: pQE50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q6IMW5 #2: 化合物 | ChemComp-CHD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Sodium HEPES, 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日 / 詳細: Double crystal (Si111, Si220) |
放射 | モノクロメーター: Three-segment Pt-coated toroidal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 24125 / Num. obs: 24125 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 43.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2395 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ELZ 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.728 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.977 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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