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- PDB-3dex: Crystal structure of SAV_2001 protein from Streptomyces avermitil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dex
タイトルCrystal structure of SAV_2001 protein from Streptomyces avermitilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target SvR107.
要素SAV_2001
キーワードstructural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Selenoprotein, Rdx-type / Rdx family / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owen, L.A. / Chen, C.X. ...Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owen, L.A. / Chen, C.X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of SAV_2001 protein from Streptomyces avermitilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target SvR107.
著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owen, L.A. / Chen, C.X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAV_2001
B: SAV_2001
C: SAV_2001
D: SAV_2001
E: SAV_2001
F: SAV_2001
G: SAV_2001
H: SAV_2001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5458
ポリマ－99,5458
非ポリマー00
水0
1
A: SAV_2001
B: SAV_2001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8862
ポリマ－24,8862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
2
C: SAV_2001
D: SAV_2001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8862
ポリマ－24,8862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7860 Å2
手法PISA
3
E: SAV_2001
F: SAV_2001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8862
ポリマ－24,8862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7830 Å2
手法PISA
4
G: SAV_2001
H: SAV_2001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8862
ポリマ－24,8862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.126, 158.318, 48.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細authors state that the biological assembly is possibly dimer.

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要素

#1: タンパク質
SAV_2001


分子量: 12443.153 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: MA-4680 / 遺伝子: SAV2001, SAV_2001 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q82LK9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution: 14% PEG 3350, 0.15 M K/Na-tartrate, and 10% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: mirrors.
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 41024 / Num. obs: 39958 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 12.42
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OKA

2oka


解像度: 2.7→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 567738.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3213 9.7 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 33121 85.2 %-
all-38874 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.9882 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.59 Å20 Å23.53 Å2
2---13.4 Å20 Å2
3---6.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5209 0 0 0 5209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 227 9.6 %
Rwork0.296 2136 -
obs--61.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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