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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dc3 | ||||||
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タイトル | Use of Carbonic Anhydrase II, IX Active-Site Mimic, for the Purpose of Screening Inhibitors for Possible Anti-Cancer Properties | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Carbonic anhydrase II complex (炭酸脱水酵素) / CAIX mimic inhibitors / Acetylation (アセチル化) / Cytoplasm (細胞質) / Disease mutation / Metal-binding / Polymorphism / Zinc (亜鉛) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Genis, C. / Sippel, K.H. / Case, N. / Govindasamy, L. / Agbandje-Mckenna, M. / Mckenna, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Design of a carbonic anhydrase IX active-site mimic to screen inhibitors for possible anticancer properties 著者: Genis, C. / Sippel, K.H. / Case, N. / Cao, W. / Avvaru, B.S. / Tartaglia, L.J. / Govindasamy, L. / Tu, C. / Agbandje-McKenna, M. / Silverman, D.N. / Rosser, C.J. / McKenna, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dc3.cif.gz | 70.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dc3.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dc3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29319.086 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S,N67Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-AZM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.3M sodium citrate, 100mM Tris-HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月1日 / 詳細: osmic mirror |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 26697 / Num. obs: 26697 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.311 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1MOO 解像度: 1.7→20 Å / Num. parameters: 9231 / Num. restraintsaints: 8991 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2235.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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