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Yorodumi- PDB-6b59: Carbonic anhydrase II in complex with nitrogenous base-bearing be... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b59 | ||||||
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Title | Carbonic anhydrase II in complex with nitrogenous base-bearing benezenesulfonamide | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | LYASE/INHIBITOR / carbonic anhydrase / inhibitor / benzenesulfonamide / purine / adenine / LYASE / LYASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.638 Å | ||||||
Authors | Lomelino, C.L. / McKenna, R.M. | ||||||
Citation | Journal: ACS Med Chem Lett / Year: 2017 Title: Discovery of New Sulfonamide Carbonic Anhydrase IX Inhibitors Incorporating Nitrogenous Bases. Authors: Nocentini, A. / Bua, S. / Lomelino, C.L. / McKenna, R. / Menicatti, M. / Bartolucci, G. / Tenci, B. / Di Cesare Mannelli, L. / Ghelardini, C. / Gratteri, P. / Supuran, C.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6b59.cif.gz | 163.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6b59.ent.gz | 128.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6b59.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b59 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6b5aC 3ks3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 28932.641 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CA2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-Non-polymers , 5 types, 159 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
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#3: Chemical | ChemComp-CQS / |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
#5: Chemical | ChemComp-DMS / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 / Details: 1.6M NaCitrate 50mM Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 5, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.638→40.216 Å / Num. obs: 37853 / % possible obs: 86.8 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.863 / Net I/σ(I): 20.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KS3 Resolution: 1.638→40.216 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.03
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.2 Å2 / Biso mean: 18.9451 Å2 / Biso min: 5.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.638→40.216 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -9.5968 Å / Origin y: -1.583 Å / Origin z: 16.1351 Å
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Refinement TLS group |
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