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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d90 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human progesterone receptor ligand-binding domain bound to levonorgestrel | ||||||
要素 | Progesterone receptorプロゲステロン受容体 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / progesterone receptor (プロゲステロン受容体) / steroid receptor / nuclear receptor (核内受容体) / transcription factor (転写因子) / women health / contraception / Alternative splicing (選択的スプライシング) / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Petit-Topin, I. / Turque, N. / Ulman, A. / Gainer, E. / Rafestin-Oblin, M.E. / Fagart, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2009 タイトル: Met909 plays a key role in the activation of the progesterone receptor and also in the high potency of 13-ethyl progestins 著者: Petit-Topin, I. / Turque, N. / Fagart, J. / Fay, M. / Ulmann, A. / Gainer, E. / Rafestin-Oblin, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d90.cif.gz | 119.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d90.ent.gz | 92.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/3d90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/3d90 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1sqnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29738.824 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-binding domain, UNP residues 676-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: UV20HL21-27 / 遺伝子: PGR, NR3C3 / プラスミド: PGEXHPRLBD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON PLUS (DE3) RIL / 参照: UniProt: P06401 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% PEG3350, x300mM MgSO4, 10% Glycerol 10%, 50mM PIPES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 78 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979738 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日 / 詳細: mirror 1, double crystal, mirror 2 |
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979738 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→47.83 Å / Num. all: 25142 / Num. obs: 20345 / % possible obs: 80.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.76 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 939 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 73.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SQN 解像度: 2.26→47.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1591596.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.6464 Å2 / ksol: 0.354893 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→47.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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