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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d5x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an activated (Thr->Asp) Polo-like kinase 1 (Plk1) catalytic domain in complex with wortmannin. | ||||||
要素 | Polo-like kinase 1PLK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Polo-like kinase 1 (PLK1) / Plk1 (PLK1) / catalytic domain / small-molecule inhibitor / Kinase (キナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polo kinase / mitotic spindle organization / 動原体 / 紡錘体 / retina development in camera-type eye / mitotic cell cycle / midbody / 細胞分裂 / リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity ...polo kinase / mitotic spindle organization / 動原体 / 紡錘体 / retina development in camera-type eye / mitotic cell cycle / midbody / 細胞分裂 / リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Elling, R.A. / Fucini, R.V. / Romanowski, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008 タイトル: Structures of the wild-type and activated catalytic domains of Brachydanio rerio Polo-like kinase 1 (Plk1): changes in the active-site conformation and interactions with ligands. 著者: Elling, R.A. / Fucini, R.V. / Romanowski, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d5x.cif.gz | 70 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d5x.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d5x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/3d5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/3d5x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34442.113 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 変異: T196D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: plk1 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: Q4KMI8, polo kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-KWT / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K); protein and wortmannin at a 1:1 molar ratio; protein at 7 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM NaCl and 3 mM DTT; crystallization condition: 0.1 ...詳細: hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K); protein and wortmannin at a 1:1 molar ratio; protein at 7 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM NaCl and 3 mM DTT; crystallization condition: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 22.5% PEG 3350 and 15% glycerol; cryoprotectant: 15% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月25日 |
放射 | モノクロメーター: Side-scattering cube root I-beam bent single crystal; asymmetric cut 12.2 degs. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 12803 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3d5u 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 15.364 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.376 / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.496 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.801→2.898 Å / Total num. of bins used: 15
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