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- PDB-3czy: Crystal Structure of Human Heme Oxygenase-1 in Complex with 1-(Ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3czy
タイトルCrystal Structure of Human Heme Oxygenase-1 in Complex with 1-(Adamantan-1-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethanone
要素Heme oxygenase 1HMOX1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heme oxygenase-1 inhibitor complex / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Heme (ヘム) / Iron (鉄) / Metal-binding / Microsome / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / endothelial cell proliferation / erythrocyte homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / Heme degradation / epithelial cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of macroautophagy / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macroautophagy / The NLRP3 inflammasome / regulation of angiogenesis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of chemokine production / cellular response to cadmium ion / response to nicotine / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / オートファジー / Iron uptake and transport / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Heme signaling / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / 血管新生 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / intracellular signal transduction / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / ヘム酸素添加酵素 / Haem oxygenase-like / ヘム酸素添加酵素 / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(adamantan-1-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethanone / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Jia, Z. / Rahman, M.N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: X-ray crystal structure of human heme oxygenase-1 in complex with 1-(adamantan-1-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethanone: a common binding mode for imidazole-based heme oxygenase-1 inhibitors.
著者: Rahman, M.N. / Vlahakis, J.Z. / Szarek, W.A. / Nakatsu, K. / Jia, Z.
履歴
登録2008年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5196
ポリマ－53,7972
非ポリマー1,7224
水9,062503
1
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7593
ポリマ－26,8991
非ポリマー8612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7593
ポリマ－26,8991
非ポリマー8612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.000, 52.446, 74.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1 / HMOX1 / HO-1


分子量: 26898.615 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX1, HO, HO1 / プラスミド: DELTA233-HHO-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha
参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-AD8 / 1-(adamantan-1-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethanone / 2-(1H-imidazol-1-yl)-1-[(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-yl]ethanone


分子量: 244.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.16M ammonium sulfate, 0.9% 1,6-hexanediol, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月20日
詳細: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu Block. Rh-coated Si mirror for vertical focusing.
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. all: 57555 / Num. obs: 55840 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 36.5
反射 シェル解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 4836 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 82.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1N3U

1n3u


解像度: 1.54→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.44 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22633 2899 5 %RANDOM
Rwork0.19377 ---
obs0.19544 54625 96.85 %-
all-54625 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20.07 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 122 503 4115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2172.0485056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5165426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73523.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09415634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0061526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3480.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8651.52218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34123470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32631696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5964.51582
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.581 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 172 -
Rwork0.238 3234 -
obs-3406 79.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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