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- PDB-3hok: X-ray Crystal Structure of Human Heme Oxygenase-1 with (2R, 4S)-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hok
タイトルX-ray Crystal Structure of Human Heme Oxygenase-1 with (2R, 4S)-2-[2-(4-Chlorophenyl)ethyl]-2-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]-4[((5-trifluoromethylpyridin-2-yl)thio)methyl]-1,3-dioxolane: A Novel, Inducible Binding Mode
要素Heme oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-inhibitor complex / alpha helices / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Metal-binding / Microsome / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / cellular response to cisplatin / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / cellular response to cisplatin / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / cellular response to arsenic-containing substance / heme catabolic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / endothelial cell proliferation / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / erythrocyte homeostasis / cellular response to cadmium ion / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of macroautophagy / negative regulation of ferroptosis / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of macroautophagy / regulation of angiogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / response to nicotine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / macroautophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / response to hydrogen peroxide / Iron uptake and transport / Heme signaling / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-Q80 / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Rahman, M.N. / Jia, Z.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: X-ray crystal structure of human heme oxygenase-1 with (2R,4S)-2-[2-(4-chlorophenyl)ethyl]-2-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]-4[((5-trifluoromethylpyridin-2-yl)thio)methyl]-1,3-dioxolane: a ...タイトル: X-ray crystal structure of human heme oxygenase-1 with (2R,4S)-2-[2-(4-chlorophenyl)ethyl]-2-[(1H-imidazol-1-yl)methyl]-4[((5-trifluoromethylpyridin-2-yl)thio)methyl]-1,3-dioxolane: a novel, inducible binding mode.
著者: Rahman, M.N. / Vlahakis, J.Z. / Vukomanovic, D. / Szarek, W.A. / Nakatsu, K. / Jia, Z.
履歴
登録2009年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5145
ポリマ－53,7972
非ポリマー1,7173
水3,351186
1
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5152
ポリマ－26,8991
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9993
ポリマ－26,8991
非ポリマー1,1002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.072, 54.592, 71.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.641, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1 / HO-1


分子量: 26898.615 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX1, HO, HO1 / プラスミド: Delta 233-HHO-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha
参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-Q80 / 2-({[(2R,4S)-2-[2-(4-chlorophenyl)ethyl]-2-(1H-imidazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methyl}sulfanyl)-5-(trifluoromethyl)pyridine


分子量: 483.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClF3N3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 2.16 M ammonium sulfate, 1.15% 1,6-hexanediol, 0.1 M HEPES, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月30日
詳細: Bent triangular asymmetric cut Si(111) monochromater provides horizontal focusing. Rh-coated Si mirror for vertical focusing.
放射モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 19633 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 17.31
反射 シェル解像度: 2.19→2.28 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 3.371 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 68.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N3U

1n3u


解像度: 2.19→43.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 8.412 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.544 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28894 1018 5.2 %RANDOM
Rwork0.22207 ---
obs0.22567 18614 88.4 %-
all-19633 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å2-1.38 Å2
2---3.33 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→43.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3498 0 118 186 3802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0472.0465053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3945427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11223.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.07615637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg191526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5041.52147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93423457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12431568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8834.51596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.244 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 41 -
Rwork0.234 799 -
obs-840 52.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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