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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cv7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of porcine aldehyde reductase ternary complex | ||||||
要素 | Alcohol dehydrogenaseアルコールデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TIM BARREL (TIMバレル) / ALDO-KETO REDUCTASE / TERNARY COMPLEX / Acetylation (アセチル化) / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルクロン酸レダクターゼ / グルクロノラクトンレダクターゼ / glucuronolactone reductase activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / D-glucuronate catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity ...グルクロン酸レダクターゼ / グルクロノラクトンレダクターゼ / glucuronolactone reductase activity / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / D-glucuronate catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / L-ascorbic acid biosynthetic process / アリルアルコールデヒドロゲナーゼ / allyl-alcohol dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / apical plasma membrane / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.412 Å | ||||||
データ登録者 | Carbone, V. / El-Kabbani, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008 タイトル: Structure of aldehyde reductase in ternary complex with coenzyme and the potent 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase inhibitor 3,5-dichlorosalicylic acid: Implications for inhibitor binding and selectivity 著者: Carbone, V. / Chung, R. / Endo, S. / Hara, A. / El-Kabbani, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cv7.cif.gz | 86.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cv7.ent.gz | 63.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cv7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ao0 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36626.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: kidney腎臓 / 参照: UniProt: P50578, alcohol dehydrogenase (NADP+) | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NAP / | #4: 化合物 | ChemComp-C2U / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE PUBLISHED SEQUENCE IS FROM EXPRESSED MATERIAL WHILE THE SEQUENCE FOR THIS ENTRY IS FROM ...THE PUBLISHED SEQUENCE IS FROM EXPRESSED MATERIAL WHILE THE SEQUENCE FOR THIS ENTRY IS FROM PURIFIED MATERIAL. O.EL-KABBANI,N.C.GREEN,G.LIN,M.CARSON,S.V.L.NARAYANA, K.M.MOORE,T.G.FLYNN,L.J.DELUCAS. STRUCTURES | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2M ammonium sulphate, 0.1M tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.412→50 Å / Num. all: 13622 / Num. obs: 12533 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.88 % / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.412→2.5 Å / 冗長度: 5.31 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 83.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2AO0 2ao0 解像度: 2.412→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.605 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 1.472 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.333 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.281 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.412→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.412→2.475 Å / Total num. of bins used: 20
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