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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3csm | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF YEAST CHORISMATE MUTASE WITH BOUND TRP AND AN ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR | ||||||
要素 | CHORISMATE MUTASE | ||||||
キーワード | COMPLEX (ISOMERASE/PEPTIDE) / CHORISMATE PYRUVATEMUTASE / ALLOSTERIC PROTEIN / COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) / TRANSITION STATE ANALOG / COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan binding / L-tyrosine binding / tyrosine biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Straeter, N. / Schnappauf, G. / Braus, G. / Lipscomb, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Mechanisms of catalysis and allosteric regulation of yeast chorismate mutase from crystal structures. 著者: Strater, N. / Schnappauf, G. / Braus, G. / Lipscomb, W.N. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of the T State of Allosteric Yeast Chorismate Mutase and Comparison with the R State 著者: Strater, N. / Hakansson, K. / Schnappauf, G. / Braus, G. / Lipscomb, W.N. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: Location of the Active Site of Allosteric Chorismate Mutase from Saccharomyces Cerevisiae, and Comments on the Catalytic and Regulatory Mechanisms 著者: Xue, Y. / Lipscomb, W.N. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: The Crystal Structure of Allosteric Chorismate Mutase at 2.2-A Resolution 著者: Xue, Y. / Lipscomb, W.N. / Graf, R. / Schnappauf, G. / Braus, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3csm.cif.gz | 113.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3csm.ent.gz | 89.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3csm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3csm_validation.pdf.gz | 415.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3csm_full_validation.pdf.gz | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3csm_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3csm_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3csm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3csm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29958.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: RH1242 / プラスミド: PME605 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): RH1242 / 参照: UniProt: P32178, chorismate mutase #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HANGING DROP, 19 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 0.15 M TRIS PH 8.0, 0.15 M SODIUM ACETATE, 16 MM TRYPTOPHAN, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年10月15日 / 詳細: SUPPER DOUBLE-MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 20253 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.325 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 51388 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CSM 解像度: 3→15 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.2 Å / Rfactor obs: 0.285 |