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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3coi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of p38delta kinase | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 13P38分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / p38d / p38delta / ERK / MAP kinase (分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ) / p38-2 / PMK / STK26 / stress-activated protein kinase / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / ATP-binding / Cell cycle (細胞周期) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to anisomycin / cellular response to sorbitol / cellular response to sodium arsenite / response to osmotic stress / DSCAM interactions / MAP kinase activity / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to interleukin-1 / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events ...cellular response to anisomycin / cellular response to sorbitol / cellular response to sodium arsenite / response to osmotic stress / DSCAM interactions / MAP kinase activity / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to interleukin-1 / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events / NOD1/2 Signaling Pathway / cellular response to hydrogen peroxide / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to UV / peptidyl-serine phosphorylation / intracellular signal transduction / 細胞周期 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Atwell, S. / Burley, S.K. / Houle, A. / Ramos, A. / Sauder, J.M. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of p38delta kinase. 著者: Atwell, S. / Burley, S.K. / Houle, A. / Ramos, A. / Sauder, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3coi.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3coi.ent.gz | 63 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3coi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/3coi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/3coi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ozaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40651.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: HepG2 / 遺伝子: MAPK13, PRKM13, SAPK4 / プラスミド: pSGX4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O15264, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE TARGET ID NYSGXRC-8325A PROVIDED BY AUTHORS DOES NOT EXIST IN THE TARGET DATABASE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% Glycerol, 20mM Hepes pH 7.5, 150mM Sodium chloride, 10mM Methionine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月6日 / 詳細: KV mirrors |
放射 | モノクロメーター: Kohzu 111 diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→35 Å / Num. obs: 27415 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 3318 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 82.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2OZA 解像度: 2.09→35 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→35 Å
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拘束条件 |
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