PDB-3cdb: Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reduc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cdb

タイトル

Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors

要素

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

HMG-CoAレダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS /

HMG-COA (ヒドロキシメチルグルタリルCoA) /

NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) /

STATIN (スタチン) /

Alternative splicing (選択的スプライシング) /

Endoplasmic reticulum (小胞体) /

Glycoprotein (糖タンパク質) /

Lipid synthesis (脂質代謝) /

Membrane (生体膜) /

Peroxisome (ペルオキシソーム) / Polymorphism /

Steroid biosynthesis (ステロイド) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH) /

hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity /

coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / peroxisomal membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pavlovsky, A. / Sarver, R.W. / Harris, M.S. / Finzel, B.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Thermodynamic and structure guided design of statin based inhibitors of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme a reductase.
著者: Sarver, R.W. / Bills, E. / Bolton, G. / Bratton, L.D. / Caspers, N.L. / Dunbar, J.B. / Harris, M.S. / Hutchings, R.H. / Kennedy, R.M. / Larsen, S.D. / Pavlovsky, A. / Pfefferkorn, J.A. / Bainbridge, G.

履歴

登録	2008年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cdb.cif.gz	323.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cdb.ent.gz	262.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cdb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/3cdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/3cdb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cctC 3ccwC 3cczC 3cd0C 3cd5C 3cd7C 3cdaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cct-d 3ccw-d 3ccz-d 3cd0-d 2q6c-d 3cda-d 3bgl-d 2q1l-d 3cd7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (20) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

ヘテロ分子

193 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.575, 173.484, 75.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoAレダクターゼ / HMG-CoA reductase 分子量: 47479.551 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 441-875) / 変異: M485I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMGCR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR 参照: UniProt: P04035, ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-9HI / (3R,5R)-7-{3-[(4-carbamoylphenyl)sulfamoyl]-4,5-bis(4-fluorophenyl)-2-(1-methylethyl)-1H-pyrrol-1-yl}-3,5-dihydroxyheptanoic acid 分子量: 655.709 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₅F₂N₃O₇S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: protein 15-20 mg/ml, Ligand (saturated),PEG 4000, MgCl2 0.2M, Tris-HCL pH8 0.1M, 7-10 days, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.1 % / Av σ(I) over netI: 8.7 / 数: 211701 / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 0.86 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 68943 / % possible obs: 92.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.95	50	98.4	1	0.03	0.851	3.3
3.93	4.95	99.2	1	0.036	0.881	3.3
3.44	3.93	99.6	1	0.046	0.898	3.3
3.12	3.44	99.7	1	0.069	0.878	3.3
2.9	3.12	99.9	1	0.102	0.868	3.2
2.73	2.9	99.9	1	0.16	0.839	3.2
2.59	2.73	98.4	1	0.209	0.833	3.1
2.48	2.59	90.1	1	0.253	0.835	2.9
2.38	2.48	78.1	1	0.282	0.827	2.6
2.3	2.38	64.4	1	0.324	0.822	2.3

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 68943 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 0.858 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	2.3	0.324	4781	0.822	64.4
2.38-2.48	2.6	0.282	5754	0.827	78.1
2.48-2.59	2.9	0.253	6655	0.835	90.1
2.59-2.73	3.1	0.209	7348	0.833	98.4
2.73-2.9	3.2	0.16	7373	0.839	99.9
2.9-3.12	3.2	0.102	7400	0.868	99.9
3.12-3.44	3.3	0.069	7423	0.878	99.7
3.44-3.93	3.3	0.046	7413	0.898	99.6
3.93-4.95	3.3	0.036	7401	0.881	99.2
4.95-50	3.3	0.03	7395	0.851	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 8.074 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	3496	5.1 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.204	68649	92.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.583 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0 Å²	-1.18 Å²
2-	-	-1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12292	0	184	633	13109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	12668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.153	1.986	17138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.887	3	27282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.448	5	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	14154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	13926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	7608
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.171	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.34	1.5	8170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.648	2	13062
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.852	3	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.567	4.5	4076

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.347	175
R_work	0.271	3254
all	-	3429

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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