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- PDB-3cdb: Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cdb
タイトルThermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductaseHMG-CoAレダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / HMG-COA (ヒドロキシメチルグルタリルCoA) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / STATIN (スタチン) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lipid synthesis / Membrane (生体膜) / Peroxisome (ペルオキシソーム) / Polymorphism / Steroid biosynthesis (ステロイド) / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinone metabolic process / ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH) / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / sterol biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle tissue development / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...ubiquinone metabolic process / ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH) / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / sterol biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle tissue development / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of wound healing / coenzyme A metabolic process / peroxisomal membrane / isoprenoid biosynthetic process / myoblast differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / regulation of cholesterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / coenzyme binding / negative regulation of blood vessel diameter / negative regulation of protein secretion / negative regulation of MAP kinase activity / visual learning / NADPH binding / protein phosphatase 2A binding / response to nutrient / protein tetramerization / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of lipid metabolic process / response to ethanol / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 老化 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / protein homodimerization activity / integral component of membrane
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Sterol-sensing domain / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal ...Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Sterol-sensing domain / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / HMGR, N-terminal domain / HMGR, N-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
HMG-CoAレダクターゼ
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pavlovsky, A. / Sarver, R.W. / Harris, M.S. / Finzel, B.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2008
タイトル: Thermodynamic and structure guided design of statin based inhibitors of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme a reductase.
著者: Sarver, R.W. / Bills, E. / Bolton, G. / Bratton, L.D. / Caspers, N.L. / Dunbar, J.B. / Harris, M.S. / Hutchings, R.H. / Kennedy, R.M. / Larsen, S.D. / Pavlovsky, A. / Pfefferkorn, J.A. / Bainbridge, G.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2008年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,5418
ポリマ-189,9184
非ポリマー2,6234
11,403633
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25450 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area55200 Å2
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)73.575, 173.484, 75.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoAレダクターゼ / HMG-CoA reductase


分子量: 47479.551 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 441-875) / 変異: M485I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMGCR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR
参照: UniProt: P04035, ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-9HI / (3R,5R)-7-{3-[(4-carbamoylphenyl)sulfamoyl]-4,5-bis(4-fluorophenyl)-2-(1-methylethyl)-1H-pyrrol-1-yl}-3,5-dihydroxyheptanoic acid


分子量: 655.709 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C33H35F2N3O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein 15-20 mg/ml, Ligand (saturated),PEG 4000, MgCl2 0.2M, Tris-HCL pH8 0.1M, 7-10 days, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.1 % / Av σ(I) over netI: 8.7 / : 211701 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.86 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 68943 / % possible obs: 92.8
Diffraction reflection shell

回折-ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955098.40.030.8513.3
3.934.9599.20.0360.8813.3
3.443.9399.60.0460.8983.3
3.123.4499.70.0690.8783.3
2.93.1299.90.1020.8683.2
2.732.999.90.160.8393.2
2.592.7398.40.2090.8333.1
2.482.5990.10.2530.8352.9
2.382.4878.10.2820.8272.6
2.32.3864.40.3240.8222.3
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 68943 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.858 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.382.30.32447810.82264.4
2.38-2.482.60.28257540.82778.1
2.48-2.592.90.25366550.83590.1
2.59-2.733.10.20973480.83398.4
2.73-2.93.20.1673730.83999.9
2.9-3.123.20.10274000.86899.9
3.12-3.443.30.06974230.87899.7
3.44-3.933.30.04674130.89899.6
3.93-4.953.30.03674010.88199.2
4.95-503.30.0373950.85198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.074 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.257 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 3496 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
Obs0.204 68649 92.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å2-1.18 Å2
2---1.29 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12292 0 184 633 13109
拘束条件

精密化-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプDev idealDev ideal target
r_bond_refined_d0.0070.02112668
r_bond_other_d0.0020.0211714
r_angle_refined_deg1.1531.98617138
r_angle_other_deg0.887327282
r_dihedral_angle_1_deg5.44851647
r_chiral_restr0.0570.21960
r_gen_planes_refined0.0030.0214154
r_gen_planes_other0.0020.022368
r_nbd_refined0.1710.22726
r_nbd_other0.2060.213926
r_nbtor_other0.080.27608
r_xyhbond_nbd_refined0.1450.2651
r_symmetry_vdw_refined0.1560.219
r_symmetry_vdw_other0.1710.260
r_symmetry_hbond_refined0.1740.23
r_mcbond_it0.341.58170
r_mcangle_it0.648213062
r_scbond_it0.85234498
r_scangle_it1.5674.54076
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.347 175
Rwork0.271 3254
All-3429

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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