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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cas | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 5beta-reductase (AKR1D1) in complex with NADP+ and 4-androstenedione | ||||||
要素 | 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 5b-reductase / 5beta-reductase (Δ4-3-オキソステロイド-5β-レダクターゼ) / 5b-red / AKR1D1 (Δ4-3-オキソステロイド-5β-レダクターゼ) / AKR / aldo-keto reductase / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / androstenedione (アンドロステンジオン) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / substrate inhibition / Bile acid catabolism / Cytoplasm (細胞質) / Disease mutation / Lipid metabolism (脂質代謝) / Steroid metabolism (ステロイド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / C21-steroid hormone metabolic process / steroid dehydrogenase activity / bile acid catabolic process / delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / bile acid biosynthetic process / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cholesterol catabolic process ...Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / C21-steroid hormone metabolic process / steroid dehydrogenase activity / bile acid catabolic process / delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / bile acid biosynthetic process / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cholesterol catabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / 消化 / steroid binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Faucher, F. / Cantin, L. / Breton, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Crystal Structures of Human Delta4-3-Ketosteroid 5beta-Reductase (AKR1D1) Reveal the Presence of an Alternative Binding Site Responsible for Substrate Inhibition (dagger) (,) (double dagger). 著者: Faucher, F. / Cantin, L. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cas.cif.gz | 155.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cas.ent.gz | 122.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cas.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cas | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37427.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1D1, SRD5B1 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys 参照: UniProt: P51857, Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase |
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-非ポリマー , 5種, 472分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: PEG-4000 21%, 0.1M Tris, MPD 5% CaCl2 0.05M, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.63 Å / Num. all: 50230 / Num. obs: 48139 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 18.989 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 21.26 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. measured obs: 21901 / Num. unique all: 6750 / Num. unique obs: 5727 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 84.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2672150 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.874 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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