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- PDB-3c8v: Crystal structure of putative acetyltransferase (YP_390128.1) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c8v
タイトルCrystal structure of putative acetyltransferase (YP_390128.1) from Desulfovibrio desulfuricans G20 at 2.28 A resolution
要素Putative acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / YP_390128.1 / Putative acetyltransferase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2050 / Hexapeptide repeat including loop / Hexapeptide repeat including loop / Single helix bin / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Trimeric LpxA-like superfamily / Helix Hairpins / 3 Solenoid / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Helix Hairpins - #2050 / Hexapeptide repeat including loop / Hexapeptide repeat including loop / Single helix bin / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Trimeric LpxA-like superfamily / Helix Hairpins / 3 Solenoid / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexapeptide repeat-containing transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative acetyltransferase (YP_390128.1) from Desulfovibrio desulfuricans G20 at 2.28 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetyltransferase
B: Putative acetyltransferase
C: Putative acetyltransferase
D: Putative acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,43545
ポリマ－223,2474
非ポリマー2,18841
水9,728540
1
A: Putative acetyltransferase
B: Putative acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,89125
ポリマ－111,6232
非ポリマー1,26823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
手法PISA
2
C: Putative acetyltransferase
D: Putative acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,54320
ポリマ－111,6232
非ポリマー92018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.617, 249.617, 104.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYLYS2AA0 - 9019 - 109
21GLYLYS2BB0 - 9019 - 109
31GLYLYS2CC0 - 9019 - 109
41GLYLYS2DD0 - 9019 - 109
52ARGGLU6AA91 - 109110 - 128
62ARGGLU6BB91 - 109110 - 128
72ARGGLU6CC91 - 109110 - 128
82ARGGLU6DD91 - 109110 - 128
93VALASN2AA110 - 475129 - 494
103VALASN2BB110 - 475129 - 494
113VALASN2CC110 - 475129 - 494
123VALASN2DD110 - 475129 - 494

-
要素

#1: タンパク質
Putative acetyltransferase /


分子量: 55811.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio desulfuricans / 株: G20 / 遺伝子: YP_390128.1, Dde_3640 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q30V63
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: NANODROP, 0.2M K Formate, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0000, 0.9795, 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月15日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97951
30.97971
反射解像度: 2.28→48.057 Å / Num. obs: 105055 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.75 % / Biso Wilson estimate: 41.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.28-2.362.090.4462.115353735267.6
2.36-2.460.4072.5251431078391.9
2.46-2.570.3553.2303011077099
2.57-2.70.2844.1301761051698.6
2.7-2.870.1975.8318961109298.9
2.87-3.090.1258.7315561094198.5
3.09-3.40.07413.8314021091298.3
3.4-3.890.03922.8313941088897.8
3.89-4.890.02630.9310051081597.3
4.89-48.0570.02234.5310891098597.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0067精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.28→48.057 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 13.379 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.204
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. EDO AND CL WERE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS. MG WAS TENTATIVELY MODELED BASED ON ENVIRONMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 5271 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 105052 95.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å2-0.43 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14264 0 125 540 14929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02114699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.94419835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.571324036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63351839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29724.052686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.725152362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2251574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.26239112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.43533787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.386514612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.30585587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.434115218
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2523TIGHT POSITIONAL0.210.2
2B2523TIGHT POSITIONAL0.180.2
3C2523TIGHT POSITIONAL0.140.2
4D2523TIGHT POSITIONAL0.130.2
1A2940MEDIUM POSITIONAL0.280.5
2B2940MEDIUM POSITIONAL0.340.5
3C2940MEDIUM POSITIONAL0.230.5
4D2940MEDIUM POSITIONAL0.230.5
1A181LOOSE POSITIONAL0.865
2B181LOOSE POSITIONAL0.685
3C181LOOSE POSITIONAL0.75
4D181LOOSE POSITIONAL0.635
1A2523TIGHT THERMAL0.812
2B2523TIGHT THERMAL0.732
3C2523TIGHT THERMAL0.62
4D2523TIGHT THERMAL0.662
1A2940MEDIUM THERMAL0.964
2B2940MEDIUM THERMAL0.864
3C2940MEDIUM THERMAL0.734
4D2940MEDIUM THERMAL0.794
1A181LOOSE THERMAL2.2310
2B181LOOSE THERMAL1.9910
3C181LOOSE THERMAL1.5610
4D181LOOSE THERMAL1.7110
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.344 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 282 -
Rwork0.265 5367 -
all-5649 -
obs--69.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2767-0.1324-0.59610.41690.03571.213-0.16080.1501-0.2793-0.11010.09030.05630.1672-0.19650.0705-0.2578-0.05010.0326-0.16320.0485-0.1446147.5858138.277566.2043
23.06731.1328-0.61221.1477-0.29150.884-0.08520.4086-0.05720.0696-0.0063-0.07170.1497-0.03770.0915-0.2296-0.11410.09430.03260.03-0.1155105.9226113.918690.5057
31.95460.3570.50711.33520.151.84220.1678-0.28280.02390.625-0.18560.5430.2043-0.33920.01780.2138-0.09180.3550.0897-0.02130.023115.2932143.2927126.2309
40.99620.24780.22711.4187-0.07241.37680.0187-0.03470.48770.18950.01440.234-0.4865-0.2498-0.033-0.110.14680.0602-0.09330.07940.0465135.0474175.153186.7762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 47519 - 494
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 47519 - 494
3X-RAY DIFFRACTION3CC0 - 47519 - 494
4X-RAY DIFFRACTION4DD0 - 47519 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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