[日本語] English
万見
- PDB-3c6s: Crystal structure of Fab F22-4 in complex with a Shigella flexner... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c6s
タイトルCrystal structure of Fab F22-4 in complex with a Shigella flexneri 2a O-Ag pentadecasaccharide
要素
  • Fab F22-4 heavy chain
  • Fab F22-4 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / O-antigen / LPS / Shigella flexneri / antibody complex (抗体)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / PALLADIUM ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Saul, F.A. / Vulliez-le-Normand, B. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structures of synthetic O-antigen fragments from serotype 2a Shigella flexneri in complex with a protective monoclonal antibody
著者: Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Phalipon, A. / Belot, F. / Guerreiro, C. / Mulard, L.A. / Bentley, G.A.
履歴
登録2008年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fab F22-4 light chain
B: Fab F22-4 heavy chain
C: Fab F22-4 light chain
D: Fab F22-4 heavy chain
E: Fab F22-4 light chain
F: Fab F22-4 heavy chain
G: Fab F22-4 light chain
H: Fab F22-4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,29913
ポリマ－191,1068
非ポリマー7,1935
水38,2642124
1
A: Fab F22-4 light chain
B: Fab F22-4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6544
ポリマ－47,7762
非ポリマー1,8782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
2
C: Fab F22-4 light chain
D: Fab F22-4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5483
ポリマ－47,7762
非ポリマー1,7721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
3
E: Fab F22-4 light chain
F: Fab F22-4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5483
ポリマ－47,7762
非ポリマー1,7721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint25 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
4
G: Fab F22-4 light chain
H: Fab F22-4 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5483
ポリマ－47,7762
非ポリマー1,7721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.860, 137.150, 109.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
Fab F22-4 light chain


分子量: 24141.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#2: 抗体
Fab F22-4 heavy chain


分子量: 23634.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#3: 多糖
alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-4)]alpha-L- ...alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-4)]alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-4)]alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1771.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-2LRhapa1-3[DGlcpa1-4]LRhapa1-3DGlcpNAcb1-2LRhapa1-2LRhapa1-3[DGlcpa1-4]LRhapa1-3DGlcpNAcb1-2LRhapa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,11,10/[a2211m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5]/1-2-1-1-1-2-1-1-1-3-3/a2-b1_b3-c1_c3-d1_c4-k1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1_g4-j1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Rhap]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Rhap]{[(3+1)][a-L-Rhap]{[(2+1)][a-L-Rhap]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Rhap]{[(3+1)][a-L-Rhap]{[(2+1)][a-L-Rhap]{}}[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-PD / PALLADIUM ION / パラジウム


分子量: 106.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pd
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PENTADECASACCHARIDE CORRESPONDING TO THREE SHIGELLA FLEXNERI SEROTYPE 2A O-ANTIGEN REPEATING UNITS. ...PENTADECASACCHARIDE CORRESPONDING TO THREE SHIGELLA FLEXNERI SEROTYPE 2A O-ANTIGEN REPEATING UNITS. FOUR SUGAR RESIDUES AT THE REDUCING END OF EACH PENTADECASACCHARIDE WERE NOT DETERMINED IN THE STRUCTURE DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY.
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE FOR CHAINS A,C,E,G RESIDUES 1-107 IS CAH04481.2, AND FOR CHAINS B,D,F,H ...THE SEQUENCE DATABASE FOR CHAINS A,C,E,G RESIDUES 1-107 IS CAH04481.2, AND FOR CHAINS B,D,F,H RESIDUES 1-113 IS CAH04480.1. RESIDUE NUMBERING OF ANTIBODY VARIABLE REGIONS FOLLOWS THE KABAT CONVENTION (E.A. KABAT, T.T. WU, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN, C. FOELLER. SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED. (1991). NIH PUBLICATION NO. 91-3242, NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD). DISCREPANCIES BETWEEN THE DATABASE SEQUENCE CAH04481.2 AND THIS PDB ENTRY OCCUR AT POSITIONS ASP 1, ILE 2, ALA 7, ALA 8, AND PHE 9 (CHAINS A,C,E,G), AND BETWEEN DATABASE SEQUENCE CAH04480.1 AND THIS ENTRY AT POSITION VAL 4 (CHAINS B,D,F, H). THESE N-TERMINAL SEQUENCE DISCREPANCIES ARE DUE TO THE PRIMERS USED FOR NUCLEOTIDE SEQUENCE DETERMINATION.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 25% PEG 5000 MME, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日 / 詳細: bent mirror
放射モノクロメーター: Diamond(111), Ge(220) toroidal focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.74 Å / Num. all: 179612 / Num. obs: 179612 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 25673 / Rsym value: 0.668 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3C5S

3c5s


解像度: 1.8→44.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 3.694 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25109 2670 1.5 %RANDOM
Rwork0.19141 ---
all0.1923 176903 --
obs0.1923 176903 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.781 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å2-0.02 Å2
2--2.2 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13125 0 481 2124 15730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02214020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.99519185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.804328335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.87651700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10223.895534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.173152180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0021561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.22288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.212588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.26792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.28167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.21708
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.280.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1510.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.578210762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.32223453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.957313819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00436531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.71545357
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.823 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 97 -
Rwork0.281 6431 -
obs-6528 97.06 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る