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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bez | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli Signal peptide peptidase (SppA), SeMet crystals | ||||||
要素 | Protease 4プロテアーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / protease (プロテアーゼ) / bacterial (細菌) / Inner membrane / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signal peptide processing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / endopeptidase activity / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.76 Å | ||||||
データ登録者 | Paetzel, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of a bacterial signal Peptide peptidase. 著者: Kim, A.C. / Oliver, D.C. / Paetzel, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bez.cif.gz | 374.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bez.ent.gz | 313.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3bez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3bez | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64623.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: sppA / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P08395, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97925 Å |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97925 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.76→46.9 Å / Num. obs: 69169 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.76→2.9 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 5523 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 78 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.76→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 12.425 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.961 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.373 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.76→46.63 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.76→2.828 Å / Total num. of bins used: 20
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