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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bei | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the slow form of thrombin in a self_inhibited conformation | ||||||
要素 | (Prothrombinトロンビン) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Acute phase (急性期タンパク質) / Blood coagulation (凝固・線溶系) / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Gamma-carboxyglutamic acid (Γ-カルボキシグルタミン酸) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Kringle / Secreted (分泌) / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / negative regulation of proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / 凝固・線溶系 / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 凝固・線溶系 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Refined directly / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Gandhi, P.S. / Chen, Z. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008 タイトル: Structural identification of the pathway of long-range communication in an allosteric enzyme. 著者: Gandhi, P.S. / Chen, Z. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of the slow form of thrombin in a self-inhibited conformation 著者: Pineda, A.O. / Chen, Z. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bei.cif.gz | 80.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bei.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3bei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3bei | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5151.698 Da / 分子数: 1 / 断片: THROMBIN LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P00734, トロンビン | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 29779.234 Da / 分子数: 1 / 断片: THROMBIN HEAVY CHAIN / Mutation: D102N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P00734, トロンビン | ||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5% PEG 4000, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: APS 14-BM-C / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 57640 / Num. obs: 55623 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4916 / % possible all: 85.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Refined directly 開始モデル: PDB ID code 2GP9 解像度: 1.55→28.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 734612.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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