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- PDB-3ans: Human soluble epoxide hydrolase in complex with a synthetic inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ans
タイトルHuman soluble epoxide hydrolase in complex with a synthetic inhibitor
要素Epoxide hydrolase 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / 脱リン酸化 / cholesterol homeostasis / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / ペルオキシソーム / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-cyano-N-[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]benzamide / Bifunctional epoxide hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Chiyo, N. / Ishii, T. / Hourai, S. / Yanagi, K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: A practical use of ligand efficiency indices out of the fragment-based approach: ligand efficiency-guided lead identification of soluble epoxide hydrolase inhibitors
著者: Tanaka, D. / Tsuda, Y. / Shiyama, T. / Nishimura, T. / Chiyo, N. / Tominaga, Y. / Sawada, N. / Mimoto, T. / Kusunose, N.
履歴
登録2010年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32021年2月24日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase 2
B: Epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8174
ポリマ－77,2932
非ポリマー5252
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.630, 80.350, 88.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Epoxide hydrolase 2 / / Soluble epoxide hydrolase / SEH / Epoxide hydratase / Cytosolic epoxide hydrolase / CEH


分子量: 38646.422 Da / 分子数: 2 / 断片: hydrolase domain, UNP residues 230-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-S38 / 4-cyano-N-[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]benzamide


分子量: 262.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % / Mosaicity: 0.3 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20%(w/v) PEG 8000, 200mM sodium iodide, pH 7.3, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→40.18 Å / Num. obs: 50573 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.77 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 16.8 / Scaling rejects: 1442
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.98-2.053.760.1475.81895250370.8798.8
2.05-2.133.820.1236.71939150720.752199.2
2.13-2.233.820.10481926650390.761599.2
2.23-2.353.820.08210.11940950760.771699.5
2.35-2.493.820.07211.91941250700.782499.6
2.49-2.693.820.06114.71952950980.825599.6
2.69-2.963.810.05218.41958551200.9310399.8
2.96-3.393.790.04225.61942950761.120499.6
3.39-4.263.710.03732.61946651351.2941299.3
4.26-40.183.530.03436.71771048501.4258592.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VJ5

1vj5


解像度: 1.98→31.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2621 / WRfactor Rwork: 0.2208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8364 / SU B: 3.755 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.1982 / SU Rfree: 0.1753 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2596 2566 5.1 %RANDOM
Rwork0.2186 ---
obs0.2206 50570 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.03 Å2 / Biso mean: 34.0078 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→31.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5066 0 40 242 5348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.9577138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8925626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82923.934244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58715880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4561528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6831.53142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27825078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65132120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7154.52054
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 177 -
Rwork0.244 3514 -
all-3691 -
obs--98.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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