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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ani | ||||||
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タイトル | Crystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase mutant D175N from Streptcoccus agalactiae | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein gbs1889 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha6/alpha6-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase / chondroitin hydrolase activity / unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase activity / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus agalactiae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamichi, Y. / Maruyama, Y. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural determinants in streptococcal unsaturated glucuronyl hydrolase for recognition of glycosaminoglycan sulfate groups 著者: Nakamichi, Y. / Maruyama, Y. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ani.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ani.ent.gz | 69.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ani.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3ani ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3ani | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46640.691 Da / 分子数: 1 / 変異: D175N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 株: serogroup III/NEM316 / 遺伝子: gbs1889, Ugl / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 参照: UniProt: Q8E372, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40% ethylene glycol, 5% PEG 3000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: Fixed exit Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 13575 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZZR 解像度: 2.5→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 9.38 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.806 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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