+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3alj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase, reduced form | ||||||
要素 | 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha/beta fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mesorhizobium loti (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å | ||||||
データ登録者 | Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Yoshikane, Y. / Kamitori, S. / Yagi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase 著者: Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Yoshikane, Y. / Kamitori, S. / Yagi, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3alj.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3alj.ent.gz | 72.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3alj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/3alj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/3alj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||
詳細 | Biological unit is tetramer, but specific interaction was not observed. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41798.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: co-expression with chaperonine GroEL,ES / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: mlr6788 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q988D3, EC: 1.14.12.4 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si-single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→50 Å / Num. all: 70553 / Num. obs: 70553 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Num. unique all: 3470 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ALH 3alh 解像度: 1.48→29.63 Å / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.137 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→29.63 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|