+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a7n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of uracil-DNA glycosylase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Ung-Ugi interactions / Ung-DNA complex / citrate as protein ligand / ligand binding (リガンド) / inhibitor design / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / Glycosidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / 塩基除去修復 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010 タイトル: Structure of uracil-DNA glycosylase from Mycobacterium tuberculosis: insights into interactions with ligands 著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Varshney, U. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008 タイトル: Unique features of the structure and interactions of mycobacterial uracil-DNA glycosylase: structure of a complex of the Mycobacterium tuberculosis enzyme in comparison with those from other sources 著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Krishna, P.D.V. / Varshney, U. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Domain closure and action of uracil DNA glycosylase (UDG): structures of new crystal forms containing the Escherichia coli enzyme and a comparative study of the known structures involving UDG 著者: Saikrishnan, K. / Bidya Sagar, M. / Ravishankar, R. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998 タイトル: X-ray analysis of a complex of Escherichia coli uracil DNA glycosylase (EcUDG) with a proteinaceous inhibitor. The structure elucidation of a prokaryotic UDG 著者: Ravishankar, R. / Bidya Sagar, M. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a7n.cif.gz | 64 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3a7n.ent.gz | 45.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/3a7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/3a7n | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2zhxS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25813.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37RV / 遺伝子: ung, Rv2976c / プラスミド: PRSETB MTUUDG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P67071, UniProt: P9WFQ9*PLUS, uridine nucleosidase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 1.8M tri-ammonium citrate pH 7.0, 10% isopropanol, microbatch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 18628 / Num. obs: 18238 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2583 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ZHX 解像度: 1.95→26.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.309 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.059 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.24 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|