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Yorodumi- PDB-4w65: Crystal Structure of Glycosyl hydrolase family protein from Mycob... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4w65 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Glycosyl hydrolase family protein from Mycobacterium fortuitum | ||||||
Components | Glycosyl hydrolase family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Glycosyl hydrolase family protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.38 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal Structure of Glycosyl hydrolase family protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium fortuitum Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Davies, D.R. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4w65.cif.gz | 113.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4w65.ent.gz | 84.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4w65.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w65 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rq0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30688.178 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 (bacteria) Gene: MFORT_18233 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: K0UYS3, cellulase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-CA / | ||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 LISO4; 20% EG ADDED AS CRYOPROTECTANT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.9787 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.38→50 Å / Num. obs: 48609 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 18.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 26.91 |
Reflection shell | Resolution: 1.38→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RQ0 Resolution: 1.38→35.998 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 15.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.38→35.998 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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