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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 317d | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF D(CCTAGGG): COMPARISON WITH NINE ISOMORPHOUS OCTAMER SEQUENCES REVEALS FOUR DISTINCT PATTERNS OF SEQUENCE-DEPENDENT INTERMOLECULAR INTERACTIONS | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / A-DNA (A-DNA) / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | データ登録者 | Tippin, D.B. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 | タイトル: Structure of d(CCCTAGGG): comparison with nine isomorphous octamer sequences reveals four distinct patterns of sequence-dependent intermolecular interactions. 著者: Tippin, D.B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 317d.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb317d.ent.gz | 7.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 317d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/17/317d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/17/317d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.00K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年3月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 1894 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.029 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: ADH012 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |