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万見
- PDB-2z8k: Crystal Structure of Escherichia coli gamma-Glutamyltranspeptidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z8k
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli gamma-Glutamyltranspeptidase in Complex with Acivicin
要素(Gamma-glutamyltranspeptidase) x 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Acivicin formed a covalent bond with Thr391 / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / Glutathione biosynthesis / Zymogen (酵素前駆体)
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid salvage / gamma-glutamyl-peptidase activity / Γ-グルタミルトランスフェラーゼ / glutathione gamma-glutamate hydrolase / glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process / glutathione biosynthetic process / self proteolysis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamyltranspeptidase, large (L) subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase signature. / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase, large subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AVN / Glutathione hydrolase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 2DBU / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Wada, K. / Irie, M. / Fukuyama, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Escherichia coli gamma-glutamyltranspeptidase in complex with azaserine and acivicin: novel mechanistic implication for inhibition by glutamine antagonists
著者: Wada, K. / Hiratake, J. / Irie, M. / Okada, T. / Yamada, C. / Kumagai, H. / Suzuki, H. / Fukuyama, K.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-glutamyltranspeptidase
B: Gamma-glutamyltranspeptidase
C: Gamma-glutamyltranspeptidase
D: Gamma-glutamyltranspeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0376
ポリマ－118,6794
非ポリマー3572
水10,683593
1
A: Gamma-glutamyltranspeptidase
B: Gamma-glutamyltranspeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5183
ポリマ－59,3402
非ポリマー1791
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12660 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
2
C: Gamma-glutamyltranspeptidase
D: Gamma-glutamyltranspeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5183
ポリマ－59,3402
非ポリマー1791
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.730, 126.500, 129.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Gamma-glutamyltranspeptidase


分子量: 39311.230 Da / 分子数: 2 / 断片: large chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: pSH253 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18956, Γ-グルタミルトランスフェラーゼ
#2: タンパク質 Gamma-glutamyltranspeptidase


分子量: 20028.475 Da / 分子数: 2 / 断片: small chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: pSH253 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18956, Γ-グルタミルトランスフェラーゼ
#3: 化合物 ChemComp-AVN / (2S)-AMINO[(5S)-3-CHLORO-4,5-DIHYDROISOXAZOL-5-YL]ACETIC ACID / ACIVICIN / アシビシン / アシビシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 178.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7ClN2O3 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 12.5-17.5% PEG 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 148397 / Num. obs: 148397 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 2DBU / 解像度: 1.65→32.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 294208.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 7146 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 141424 92.1 %-
all-141424 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6107 Å2 / ksol: 0.383967 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.04 Å20 Å20 Å2
2---4.86 Å20 Å2
3----5.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8118 0 20 593 8731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1038 5 %
Rwork0.22 19891 -
obs--82.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ggt_final.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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