PDB-2z8g: Aspergillus niger ATCC9642 isopullulanase complexed with isopanose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z8g

タイトル

Aspergillus niger ATCC9642 isopullulanase complexed with isopanose

要素

Isopullulanase

イソプルラナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

isopullulanase (イソプルラナーゼ) / GH49 /

dextranase (デキストラナーゼ) /

pullulan (プルラン) / beta-helix /

Glycoprotein (糖タンパク質) / Glycosidase /

Secreted (分泌)

機能・相同性

機能・相同性情報

イソプルラナーゼ /

isopullulanase activity /

代謝 / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Mizuno, M. / Koide, A. / Yamamura, A. / Akeboshi, H. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Sakano, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Aspergillus niger Isopullulanase, a Member of Glycoside Hydrolase Family 49
著者: Mizuno, M. / Koide, A. / Yamamura, A. / Akeboshi, H. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Sakano, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.

履歴

登録	2007年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z8g.cif.gz	255.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z8g.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/2z8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/2z8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wmrC 1x0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wmr-1 3wwg-3 1b6h-d 1olc-d 1x0c-1 1qyv-1 3tcf-2 6f72-d 1b5h-d 3tcf-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isopullulanase

B: Isopullulanase

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isopullulanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Isopullulanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.672, 99.387, 134.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Isopullulanase /

イソプルラナーゼ

分子量: 60038.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: ATCC9642 / プラスミド: pHIL-S1 / 発現宿主:

Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: O00105,

イソプルラナーゼ

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-6DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2/a6-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 8.75% PEG 8000, 100mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 123214 / Num. obs: 123214 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 33.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 11669 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: a predicted model generated using the Swiss-model server, Akeboshi et al., Eur. J. Biochem., 271, 4420-4427, 2004

解像度: 1.7→49.69 Å / R_factor R_free error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2743571.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	12328	10 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.187	123129	99.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 45.9137 Å² / k_sol: 0.347184 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.29 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8484	0	390	1163	10037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.75
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.1	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.66	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.72	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.45	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.81 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	2018	10.2 %
R_work	0.246	17736	-
obs	-	-	96.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	carbohydrate.param	carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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