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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yxq | ||||||
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タイトル | The plug domain of the SecY protein stablizes the closed state of the translocation channel and maintains a membrane seal | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / protein translocation / signal peptide / membrane protein / protein secretion / prl mutation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / protein transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Li, W. / Schulman, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007 タイトル: The plug domain of the SecY protein stabilizes the closed state of the translocation channel and maintains a membrane seal 著者: Li, W. / Schulman, S. / Boyd, D. / Erlandson, K. / Beckwith, J. / Rapoport, T.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE deletion of 60-65 and substitution with one Gly |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yxq.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yxq.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yxq_validation.pdf.gz | 451.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2yxq_full_validation.pdf.gz | 494.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yxq_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yxq_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yxq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46938.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: secY / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q60175 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8451.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: secE / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q57817 |
#3: タンパク質 | 分子量: 5967.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: secG / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P60460 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 40-55% PEG400, 50mM Glycine-HCl , pH9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 14806 / Num. obs: 14678 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 118.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1419 / Rsym value: 0.787 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RHZ 解像度: 3.5→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / σ(I): 2.3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: -0.367 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
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LS精密化 シェル |
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