PDB-2yia: Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Ne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yia

タイトル

Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus

要素

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

RNA依存性RNAポリメラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / IPNV

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome replication /

virion component /

RNA依存性RNAポリメラーゼ /

RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: The N-Terminus of the RNA Polymerase from Infectious Pancreatic Necrosis Virus is the Determinant of Genome Attachment.
著者: Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M.

履歴

登録	2011年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yia.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yia.ent.gz	2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yi8C 2yi9SC 2yibC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yib-1 2yib-2 6jcs-d 2yib-3 4wjw-d 4huq-d 4jrp-d 5x3x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

D: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

E: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

F: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

G: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

H: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

717 kDa, 8 ポリマー
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1

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

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2

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

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3

C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

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4

D: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

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5

E: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

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6

F: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

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7

G: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

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8

H: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.938, 209.467, 243.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / RNA依存性RNAポリメラーゼ / VP1 / RDRP / PROTEIN VP1 分子量: 89576.625 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 1-790 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス) 株: JASPER / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: P22173, RNA依存性RNAポリメラーゼ, 逆転写酵素
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
配列の詳細	CONSTRUCT LACKS C-TERMINAL 55 RESIDUES AND CARRIES A HIS6 PURIFICATION TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.58 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 200 NL PROTEIN (5.8-6.8 MG/ML) AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20-18% W/V PEG3350, 0.10-0.09 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2-0.18 M SODIUM ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 200 NL PROTEIN (5.8-6.8 MG/ML) AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20-18% W/V PEG3350, 0.10-0.09 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2-0.18 M SODIUM CITRATE) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL RESERVOIRS AT 20. C. CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY SOAKING IN MOTHER-LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 20-25% GLYCEROL FOR 1-10 MIN.

結晶

マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.58 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 200 NL PROTEIN (5.8-6.8 MG/ML) AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20-18% W/V PEG3350, 0.10-0.09 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2-0.18 M SODIUM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.02→145.01 Å / Num. obs: 200159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 83.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 3.02→3.1 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.9.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YI9

2yi9

解像度: 3.02→145.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8922 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2164	2029	1.01 %	RANDOM
R_work	0.1874	-	-	-
obs	0.1877	200055	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.4865 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.8511 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.6355 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.575 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→145.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	49061	0	8	0	49069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.011	50335	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	68572	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		17284	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		1323	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		7170	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		50335	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.67
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.7
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		6781	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		6	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		57929	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.02→3.1 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2704	145	1.03 %
R_work	0.2489	13888	-
all	0.2492	14033	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.671	-0.3398	0.2293	1.2995	-2.8114	0.8539	0.0004	-0.0252	-0.0113	0.035	0.0123	0.0009	-0.0311	-0.0021	-0.0127	0.0564	-0.0219	-0.0637	0.0252	-0.0131	0.0538	21.3337	64.634	108.455
2	0.6521	-0.0752	-0.0843	1.6865	0.4778	0.7129	0.0181	0.0943	-0.0612	-0.2356	-0.011	-0.1895	-0.0617	0.021	-0.0071	-0.0639	0.0091	-0.0088	-0.1111	-0.0065	-0.0716	38.6211	42.149	63.4169
3	1.8628	-2.1065	0.7381	0.7555	2.0879	0.4051	0.0058	0.0409	0.0335	-0.0308	-0.0013	-0.0443	-0.0036	0.0278	-0.0045	0.0524	0.0469	-0.0725	0.0628	0.0356	0.0583	66.8072	88.1456	101.768
4	0.7856	0.178	-0.1397	0.3572	-0.4689	0.4793	0.0378	-0.1618	-0.1849	-0.0419	0.0194	0.0659	-0.0741	-0.0636	-0.0573	-0.0457	0.0217	-0.0965	-0.029	0.0701	-0.0366	22.1049	72.1943	126.165
5	0.6677	2.9104	0.3698	1.372	-1.6034	0.9176	-0.0001	0.0054	0.0427	0.0165	0.005	0.056	-0.0325	-0.0259	-0.0049	0.0385	-0.037	-0.0272	0.0773	0.0101	0.0269	30.4468	109.934	72.6042
6	0.4034	-0.2722	0.0523	0.8947	0.2235	0.4061	-0.027	-0.0588	-0.0554	-0.0507	0.1816	-0.4262	-0.0566	0.2945	-0.1546	-0.2625	-0.0883	-0.0365	0.0903	-0.1192	0.2477	78.7537	92.9432	87.3714
7	0.5611	-0.2528	0.9269	0.9062	-1.4241	0.3429	0.0029	-0.0142	0.0033	-0.0053	0.0112	-0.0231	-0.0214	0.0069	-0.014	0.0284	-0.0001	-0.069	0.0396	0.0419	0.0199	38.22	138.261	114.362
8	1.0176	0.0843	0.4321	0.6354	0.0915	0.5039	0.0308	0.2159	0.0225	-0.008	-0.0046	0.0894	-0.0355	0.0447	-0.0262	-0.0621	-0.0198	-0.0884	-0.0287	0.1029	-0.0614	12.3869	116.45	74.1052
9	0	-0.3352	0.066	1.1283	1.6882	0.465	0.0025	-0.0002	0.0188	-0.0208	0.001	0.0113	-0.0107	0.0083	-0.0035	0.0368	0.0302	-0.038	0.0497	-0.0441	0.0022	62.1282	162.18	75.8154
10	0.5543	-0.1873	0.3954	0.5144	-0.4326	0.9765	0.0081	-0.1283	-0.0839	0.1165	0.1186	0.1216	-0.0663	-0.0493	-0.1266	0.0774	0.1244	-0.1123	-0.0431	-0.0309	-0.0941	52.5142	145.548	125.022
11	0.0241	-0.1424	-0.8384	0.8133	0.3329	0	0.001	-0.0019	0.0048	0.0144	-0.005	-0.0122	0.0303	-0.0093	0.004	0.0204	0.0179	0.0537	0.0035	-0.0086	0.0233	19.3046	184.722	80.684
12	0.9243	-0.1043	-0.2817	0.6845	0.3733	0.6557	0.0077	0.2532	0.1083	0.0835	0.1252	-0.0872	0.0487	0.136	-0.1329	-0.1313	0.0309	0.0079	0.0504	-0.0362	-0.0938	58.8984	167.702	57.7094
13	0.8892	0.2505	-0.2876	0.5593	-0.4481	0.7057	-0.0534	-0.1443	0.0397	0.1342	-0.0386	-0.0522	0.0314	-0.038	0.0921	0.0469	-0.0018	0.1291	-0.127	-0.0791	-0.063	7.1981	195.982	99.0237
14	0.3332	0.675	0.2516	1.7979	2.0779	0	-0.0076	-0.009	0.0113	-0.0258	0.0043	0.0087	-0.0142	-0.01	0.0033	0.0098	-0.0138	-0.0619	0.0177	-0.0189	0.0591	51.3958	246.454	76.7352
15	1.8769	-1.5795	1.3874	1.8413	-1.5754	1.7473	0.0838	-0.5264	-0.4431	-0.2581	0.2076	0.3634	-0.0242	-0.3457	-0.2914	-0.2229	0.1477	-0.152	-0.0018	0.1082	0.0647	67.4284	229.019	123.279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESIDUES 3-30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESIDUES 31-792)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESIDUES 3-30)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESIDUES 31-792)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESIDUES 3-30)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESIDUES 31-792)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESIDUES 3-30)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESIDUES 31-792)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN E AND RESIDUES 3-30)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN E AND RESIDUES 31-792)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN F AND RESIDUES 11-30)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN F AND RESIDUES 31-792)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN G AND RESIDUES 31-792)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN H AND RESIDUES 3-30)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN H AND RESIDUES 31-792)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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