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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yfv | ||||||
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タイトル | The heterotrimeric complex of Kluyveromyces lactis Scm3, Cse4 and H4 | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / KINETOCHORE (動原体) / CENTROMERE (セントロメア) / HISTONE CHAPERONE / BUDDING YEAST (出芽酵母) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CENP-A containing nucleosome binding / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / CENP-A containing nucleosome / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome segregation / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / histone binding ...CENP-A containing nucleosome binding / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / CENP-A containing nucleosome / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome segregation / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / histone binding / protein heterodimerization activity / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140 (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, U.S. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Recognition of the Centromere-Specific Histone Cse4 by the Chaperone Scm3. 著者: Cho, U.S. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yfv.cif.gz | 98.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yfv.ent.gz | 75 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11692.733 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 81-180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140 (酵母) プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CTI2 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 8456.876 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 25-98 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140 (酵母) プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CMU6 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 7430.433 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 41-103 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) KLUYVEROMYCES LACTIS NRRL Y-1140 (酵母) プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CL77 | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE, PH4.5, 6% PEG 4000, AND 0.1 M SODIUM IODIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97914 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: CHOZU HLD8-24 MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 11636 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 55.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EQZ 解像度: 2.32→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 14.225 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 126-130 OF CHAIN A ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.054 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→50 Å
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拘束条件 |
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