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- PDB-2yfo: GALACTOSIDASE DOMAIN OF ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE, AGASK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yfo
タイトルGALACTOSIDASE DOMAIN OF ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE, AGASK, in complex with galactose
要素ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE AGASK
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


melibiose catabolic process / carbohydrate kinase activity / stachyose metabolic process / raffinose catabolic process / raffinose alpha-galactosidase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / nucleotidyltransferase activity / protein homotetramerization ...melibiose catabolic process / carbohydrate kinase activity / stachyose metabolic process / raffinose catabolic process / raffinose alpha-galactosidase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / nucleotidyltransferase activity / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. ...alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Distorted Sandwich / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / alpha-D-galactopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / リン酸塩 / Bifunctional alpha-galactosidase/sucrose kinase AgaSK
類似検索 - 構成要素
生物種RUMINOCOCCUS GNAVUS E1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Bruel, L. / Tison-Cervera, M. / Pujol, A. / Nicoletti, C. / Perrier, J. / Galinier, A. / Ropartz, D. / Fons, M. / Pompeo, F. / Giardina, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Agask, a Bifunctional Enzyme from the Human Microbiome Coupling Galactosidase and Kinase Activities
著者: Bruel, L. / Sulzenbacher, G. / Tison-Cervera, M. / Pujol, A. / Nicoletti, C. / Perrier, J. / Galinier, A. / Ropartz, D. / Fons, M. / Pompeo, F. / Giardina, T.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
改定 1.22011年12月7日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE AGASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,10036
ポリマ－81,3311
非ポリマー1,76935
水19,2941071
1
A: ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE AGASK
ヘテロ分子

A: ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE AGASK
ヘテロ分子

A: ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE AGASK
ヘテロ分子

A: ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE AGASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,400144
ポリマ－325,3254
非ポリマー7,075140
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area43490 Å2
ΔGint-1161.6 kcal/mol
Surface area80770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.016, 111.603, 155.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2063-

HOH

21A-2197-

HOH

31A-2468-

HOH

41A-3040-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ALPHA-GALACTOSIDASE-SUCROSE KINASE AGASK


分子量: 81331.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RUMINOCOCCUS GNAVUS E1 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4T4R7*PLUS, alpha-galactosidase

-
糖 , 2種, 2分子

#6: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス / ガラクトース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス / ガラクトース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 1104分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1071 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細GALACTOSE (GAL): GALACTOSE IS PRESENT AS MIXTURE OF ALPHA AND BETA CONFIGURATION
配列の詳細SEQUENCE NOT AVAILABLE IN UNIPROT YET, BUT WILL BE DEPOSITED SOON. THE TREMBL ACCESSION ID IS FQ790379

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 14% PEG 8000, 0.1M HEPES PH 7.5, PROTEIN CONCENTRATION 7MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.918
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→47 Å / Num. obs: 198265 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 7.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.35→46.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.214 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14171 10028 5.1 %RANDOM
Rwork0.12436 ---
obs0.12524 188194 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.067 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5714 0 78 1071 6863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.9568579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.093310446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8725826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87124.268328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.359151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.391543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.90823743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.30121528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5212.56083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.123.52531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2574.52441
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 735 -
Rwork0.194 13810 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1386-0.00290.01570.05960.00340.05340.00940.01620.0149-0.01780.0050.0093-0.0165-0.0134-0.01430.01160.00380.00280.00810.00870.009638.096914.830251.0846
20.16810.1091-0.04480.2225-0.27280.67670.019-0.0270.02030.0396-0.0110.0243-0.09020.0129-0.0080.02330.00020.01020.00750.00170.010831.931720.109281.69
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 626
2X-RAY DIFFRACTION2A627 - 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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