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- PDB-2y1v: Full length structure of RrgB Pilus protein from Streptococcus pn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1v
タイトルFull length structure of RrgB Pilus protein from Streptococcus pneumoniae
要素CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / MAJOR PILIN / PILUS ASSEMBLY (性繊毛)
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain / 抗体 ...Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Cell wall surface anchor family protein / Cell wall surface anchor family protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者El-Mortaji, L. / Contreras-Martel, C. / Manzano, C. / Vernet, T. / Dessen, A. / DiGuilmi, A.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: The Full-Length Streptococcus Pneumoniae Major Pilin Rrgb Crystallizes in a Fibre-Like Structure, which Presents the D1 Isopeptide Bond and Provides Details on the Mechanism of Pilus Polymerization.
著者: El Mortaji, L. / Contreras-Martel, C. / Moschioni, M. / Ferlenghi, I. / Manzano, C. / Vernet, T. / Dessen, A. / Di Guilmi, A.M.
履歴
登録2010年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Other
改定 1.22019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
B: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
C: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,60412
ポリマ－196,0763
非ポリマー5289
水7,746430
1
A: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5354
ポリマ－65,3591
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5354
ポリマ－65,3591
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5354
ポリマ－65,3591
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.619, 74.619, 340.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12B
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYGLYGLY5AA29 - 6321 - 604
211GLYGLYGLYGLY5BB29 - 6321 - 604
121NINININI6AD - F800 - 802
221NINININI6BG - I800 - 802
112GLYGLYGLYGLY5BB29 - 6321 - 604
212GLYGLYGLYGLY5CC29 - 6321 - 604
122NINININI6BG - I800 - 802
222NINININI6CJ - L800 - 802

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999991, 0.000886, -0.004114), (0.000896, -0.999997, 0.002454), (-0.004111, -0.002457, -0.999988)-37.2583, 21.8341, 0.38649
2given(0.442967, 0.896182, -0.025255), (0.883768, -0.441221, -0.155812), (-0.150779, 0.0467, -0.987464)34.50905, -19.01812, -15.20364

-
要素

#1: タンパク質 CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN / RRGB


分子量: 65358.672 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 30-633 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ISOPEPTIDE BONDS K41 AND N184, K193 AND N318, K349 AND N428, K453 AND N623
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: PLIM (PROTEIN EXPERT, GRENOBLE) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL (INVITROGEN) / 参照: UniProt: Q97SC2, UniProt: A0A0H2UNM7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 23% PEG 8000, 0.1M TRIS PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97485
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97485 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.592
11K, H, -L20.408
反射解像度: 2.39→20 Å / Num. obs: 164140 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 47.736 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.39→2.54 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X9W

2x9w


解像度: 2.39→113.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 18.266 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 8548 10.3 %RANDOM
Rwork0.18704 ---
obs0.1919 74075 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.78 Å20 Å20 Å2
2--30.78 Å20 Å2
3----61.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→113.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13728 0 9 430 14167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02213965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.95618990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.36451809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62326.915603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84152349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8861524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.151.59006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.035214547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7434959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6484.54443
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2416medium positional0.140.5
12B2416medium positional0.140.5
21B2416medium positional0.340.5
22C2416medium positional0.340.5
11A2163loose positional0.285
12B2163loose positional0.285
21B2163loose positional0.445
22C2163loose positional0.445
11A2416medium thermal1.992
12B2416medium thermal1.992
21B2416medium thermal3.542
22C2416medium thermal3.542
11A2163loose thermal2.9810
12B2163loose thermal2.9810
21B2163loose thermal3.9810
22C2163loose thermal3.9810
LS精密化 シェル解像度: 2.392→2.454 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 528 -
Rwork0.264 4801 -
obs--86.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3894-0.1012-0.0688-0.0075-0.08690.56930.01090.052-0.0541-0.0528-0.04550.00550.08110.08380.03460.07340.05670.01480.2568-0.00190.431916.7127-0.1029-11.6597
20.0353-0.06410.06690.104-0.04180.27180.0518-0.0333-0.0362-0.055-0.0594-0.04770.08520.1510.00750.00790.0214-0.00280.2905-0.01680.374424.2252.69660.491
30.3198-0.0552-0.25550.2503-0.06790.53860.01120.0568-0.0325-0.06240.02560.00880.1359-0.0446-0.0367-0.002-0.0201-0.050.2222-0.03990.33666.5504-3.31261.0343
40.1720.054-0.11580.0857-0.15550.25280.0816-0.06710.0027-0.0418-0.0575-0.00070.07420.0753-0.02410.2098-0.0003-0.00640.20850.00430.209321.84951.310114.2856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 188
2X-RAY DIFFRACTION1B29 - 188
3X-RAY DIFFRACTION1C29 - 188
4X-RAY DIFFRACTION2A189 - 329
5X-RAY DIFFRACTION2A433 - 446
6X-RAY DIFFRACTION2B189 - 329
7X-RAY DIFFRACTION2B433 - 446
8X-RAY DIFFRACTION2C189 - 329
9X-RAY DIFFRACTION2C433 - 446
10X-RAY DIFFRACTION3A330 - 432
11X-RAY DIFFRACTION3B330 - 432
12X-RAY DIFFRACTION3C330 - 432
13X-RAY DIFFRACTION4A447 - 633
14X-RAY DIFFRACTION4B447 - 633
15X-RAY DIFFRACTION4C447 - 633

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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