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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ww3 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with thiomannobioside | |||||||||
要素 | PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92 / GH92 / BT3990 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / glycoprotein catabolic process / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Suits, M.D.L. / Zhu, Y. / Thompson, A.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010 タイトル: Mechanistic Insights Into a Ca(2+)-Dependent Family of Alpha-Mannosidases in a Human Gut Symbiont. 著者: Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A.J. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ww3.cif.gz | 880.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ww3.ent.gz | 729.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ww3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2ww3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 85690.859 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 20-755 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 株: VPI-5482 / プラスミド: PET 22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q8A0N1 #2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside / methyl 2-S-alpha-D-mannopyranosyl-2-thio-alpha-D-mannopyranoside #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | METHYL-2-S-(ALPHA-D-MANNOPYRANOSYL)-2-THIO- ALPHA-D-MANNOPYRANOSIDE (SMD): ALPHA-1,2 SULPHUR LINKED ...METHYL-2-S-(ALPHA-D-MANNOPYRAN | 配列の詳細 | FIRST 19 RESIDUES WERE REMOVED DURING CLONING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 239524 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WVX 解像度: 2.1→203.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 13.377 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.262 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→203.33 Å
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拘束条件 |
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