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- PDB-2wqz: Crystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wqz
タイトルCrystal structure of synaptic protein neuroligin-4 in complex with neurexin-beta 1: alternative refinement
要素
  • NEUREXIN-1-BETA
  • NEUROLIGIN 4, X-LINKEDニューロリギン
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / DISULFIDE BOND (ジスルフィド) / ALPHA/BETA-HYDROLASE CHOLINESTERASE AUTISM BRAIN / ALTERNATIVE PROMOTER USAGE / MEMBRANE (生体膜) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / protein-containing complex assembly involved in synapse maturation / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / positive regulation of presynaptic active zone assembly / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / regulation of postsynaptic specialization assembly / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / protein complex involved in cell-cell adhesion / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission ...asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / protein-containing complex assembly involved in synapse maturation / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / positive regulation of presynaptic active zone assembly / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / regulation of postsynaptic specialization assembly / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / protein complex involved in cell-cell adhesion / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / guanylate kinase-associated protein clustering / type 1 fibroblast growth factor receptor binding / neuron to neuron synapse / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / cerebellar granule cell differentiation / postsynaptic membrane assembly / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / presynaptic membrane assembly / synapse maturation / negative regulation of filopodium assembly / maintenance of synapse structure / vocal learning / positive regulation of synapse maturation / neuroligin family protein binding / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / synaptic membrane adhesion / synaptic vesicle clustering / regulation of postsynaptic density assembly / inhibitory synapse / receptor localization to synapse / brainstem development / neuron cell-cell adhesion / neurexin family protein binding / regulation of grooming behavior / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / presynapse assembly / regulation of synaptic vesicle cycle / protein localization to synapse / NMDA glutamate receptor clustering / vocalization behavior / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / neurotransmitter secretion / regulation of AMPA receptor activity / filopodium assembly / cell-cell junction organization / neuron maturation / acetylcholine receptor binding / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse assembly / chloride ion binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / organ growth / adult behavior / positive regulation of protein kinase A signaling / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / calcium channel regulator activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / neuromuscular process controlling balance / regulation of presynapse assembly / excitatory synapse / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / GABA-ergic synapse / prepulse inhibition / axonal growth cone / presynaptic active zone membrane / synapse assembly / cellular response to calcium ion / cell adhesion molecule binding / cerebellum development / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / 学習 / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic density membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / synapse organization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuromuscular junction / establishment of protein localization / neuron differentiation / positive regulation of neuron projection development / 概日リズム / calcium-dependent protein binding / neuron projection development / transmembrane signaling receptor activity / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chemical synaptic transmission / scaffold protein binding / 血管新生 / 核膜 / vesicle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
ニューロリギン / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / ラミニン / Laminin G domain profile. / ラミニン / ラミニン / Carboxylesterase type B, conserved site ...ニューロリギン / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / ラミニン / Laminin G domain profile. / ラミニン / ラミニン / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Jelly Rolls - #200 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurexin-1-beta / Neuroligin-4, X-linked
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Fabrichny, I.P. / Leone, P. / Sulzenbacher, G. / Comoletti, D. / Miller, M.T. / Taylor, P. / Bourne, Y. / Marchot, P.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2007
タイトル: Structural Analysis of the Synaptic Protein Neuroligin and its Beta-Neurexin Complex: Determinants for Folding and Cell Adhesion.
著者: Fabrichny, I.P. / Leone, P. / Sulzenbacher, G. / Comoletti, D. / Miller, M.T. / Taylor, P. / Bourne, Y. / Marchot, P.
履歴
登録2009年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2009年9月8日ID: 2VH8
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22016年8月24日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROLIGIN 4, X-LINKED
B: NEUROLIGIN 4, X-LINKED
C: NEUREXIN-1-BETA
D: NEUREXIN-1-BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,7188
ポリマ－171,1964
非ポリマー5234
水0
1
A: NEUROLIGIN 4, X-LINKED
D: NEUREXIN-1-BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0805
ポリマ－85,5982
非ポリマー4823
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: NEUROLIGIN 4, X-LINKED
C: NEUREXIN-1-BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6383
ポリマ－85,5982
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.520, 198.670, 85.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALALEULEU4AA41 - 6210 - 31
211ALAALALEULEU4BB41 - 6210 - 31
121PROPROCYSCYS4AA69 - 11038 - 79
221PROPROCYSCYS4BB69 - 11038 - 79
131ASNASNTYRTYR4AA143 - 407112 - 376
231ASNASNTYRTYR4BB143 - 407112 - 376
141ASPASPHISHIS4AA414 - 598383 - 567
241ASPASPHISHIS4BB414 - 598383 - 567
112HISHISVALVAL6CC82 - 2883 - 179
212HISHISVALVAL6DD82 - 2883 - 179

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 NEUROLIGIN 4, X-LINKED / ニューロリギン / NEUROLIGIN X / HNLX / NEUROLIGIN 4


分子量: 66230.203 Da / 分子数: 2 / 断片: ACETYLCHOLINESTERASE-LIKE DOMAIN, RESIDUES 43-619 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N0W4
#2: タンパク質 NEUREXIN-1-BETA / NEUREXIN I-BETA / BETA-NEUREXIN 1


分子量: 19367.713 Da / 分子数: 2 / 断片: LNS DOMAIN, RESIDUES 80-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q63373
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 8% PEG 20000, 0.1M MES PH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→30 Å / Num. obs: 25251 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 3.9→4 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3BE8 AND 1C4R

3be8

1c4r


解像度: 3.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 107.112 / SU ML: 0.634 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.754 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1261 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.208 23955 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å20 Å20 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----4.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11330 0 30 0 11360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02211652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.94815870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.964318751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.92151434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.61824.595555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.169151825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8431554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2651.57162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0311.52926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.505211575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.51834490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9354.54295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A6558medium positional0.580.5
12B6558medium positional0.580.5
21C2284loose positional0.695
22D2284loose positional0.695
11A6558medium thermal0.192
12B6558medium thermal0.192
21C2284loose thermal2.4210
22D2284loose thermal2.4210
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 90 -
Rwork0.351 1708 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40870.566-0.19844.75590.64532.7718-0.1461-0.122-0.2798-0.1501-0.00440.24690.67320.45920.15050.74290.34620.02740.9095-0.04790.134216.921-27.962-22.967
21.60480.6614.97441.28143.377517.4789-0.0338-0.183-0.18681.29820.4799-0.01281.42670.7992-0.4461.81880.34430.04021.66650.24180.717824.317-28.193-3.251
32.50740.01031.034214.431.77921.6264-0.2819-0.7186-0.64030.57850.8047-0.91520.46110.3944-0.52281.11280.6648-0.18941.5468-0.00020.649641.916-35.176-12.789
42.386-0.3204-1.422710.65771.55347.58020.1149-0.50920.2596-0.03850.0884-1.2435-0.23730.9898-0.20340.52790.0308-0.02571.3331-0.17380.221133.13-1.957-8.574
52.89714.0361-1.26657.25141.58287.88240.205-0.50950.2750.6509-0.68140.74350.2661-0.20730.47640.67230.3120.05830.9139-0.08780.45868.222-15.334-11.919
63.12431.15670.50524.891-0.26952.6647-0.41550.61571.0476-0.30230.18840.1987-0.6450.36130.22720.9559-0.32830.00011.07020.31630.703735.9744.926-9.784
711.61485.82678.56143.47456.16213.3244-0.1439-0.20840.7209-0.5226-0.11150.2169-0.70350.47660.25542.1428-0.10760.43521.76740.51331.173137.77842.657-30.574
84.673-2.2472-4.04411.50792.24783.7246-0.38630.33450.2952-0.08380.6924-0.56260.17710.26-0.30611.3321-0.61160.40932.21850.30291.190558.32441.003-26.196
92.3971.79121.8228.5945-0.80286.9745-0.04921.1385-0.1969-0.78620.079-0.72920.09250.9092-0.02981.0246-0.20060.29111.58310.00420.25735.45115.232-25.278
101.7031-2.7991.52925.8026-1.58183.26430.1520.6180.1203-0.9769-0.50670.7353-0.86610.35370.35481.1597-0.3895-0.12811.29440.48850.99720.1737.877-17.834
118.64910.1871-1.03853.88311.4078.01250.1207-0.29550.03030.85910.0575-0.08840.0819-0.5901-0.17821.0191-0.17760.18930.6880.27320.577144.82234.74524.502
123.49262.33211.16262.4429-0.24218.4211-0.23061.3767-0.2489-0.91790.22820.15690.4506-0.13250.00241.59710.4487-0.11521.7505-0.15230.463422.314-18.18-58.799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 110
2X-RAY DIFFRACTION1A143 - 291
3X-RAY DIFFRACTION1A340 - 373
4X-RAY DIFFRACTION1A449 - 472
5X-RAY DIFFRACTION1A561 - 582
6X-RAY DIFFRACTION2A111 - 142
7X-RAY DIFFRACTION3A292 - 339
8X-RAY DIFFRACTION4A374 - 448
9X-RAY DIFFRACTION4A583 - 598
10X-RAY DIFFRACTION5A473 - 560
11X-RAY DIFFRACTION6B41 - 110
12X-RAY DIFFRACTION6B143 - 291
13X-RAY DIFFRACTION6B340 - 373
14X-RAY DIFFRACTION6B449 - 472
15X-RAY DIFFRACTION6B561 - 582
16X-RAY DIFFRACTION7B111 - 142
17X-RAY DIFFRACTION8B292 - 339
18X-RAY DIFFRACTION9B374 - 448
19X-RAY DIFFRACTION9B583 - 599
20X-RAY DIFFRACTION10B473 - 560
21X-RAY DIFFRACTION11C82 - 288
22X-RAY DIFFRACTION12D82 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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