[日本語] English
万見
- PDB-2wnb: Crystal Structure of a Mammalian Sialyltransferase in complex wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wnb
タイトルCrystal Structure of a Mammalian Sialyltransferase in complex with disaccharide and CMP
要素CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / DISULFIDE BOND (ジスルフィド) / GOLGI APPARATUS (ゴルジ体) / SIALYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / SIGNAL-ANCHOR / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / MEMBRANE (生体膜) / SECRETED (分泌) / SIALIC ACID (シアル酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-D-galactosyl-(1->3)-N-acetyl-beta-D-galactosaminide alpha-2,3-sialyltransferase / beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase / beta-galactoside (CMP) alpha-2,3-sialyltransferase activity / ganglioside biosynthetic process via lactosylceramide / beta-D-galactosyl-(1->3)-N-acetyl-beta-D-galactosaminide alpha-2,3- sialyltransferase / Golgi medial cisterna membrane / Golgi trans cisterna membrane / N-acetylneuraminate metabolic process / シアル酸 / protein N-linked glycosylation ...beta-D-galactosyl-(1->3)-N-acetyl-beta-D-galactosaminide alpha-2,3-sialyltransferase / beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase / beta-galactoside (CMP) alpha-2,3-sialyltransferase activity / ganglioside biosynthetic process via lactosylceramide / beta-D-galactosyl-(1->3)-N-acetyl-beta-D-galactosaminide alpha-2,3- sialyltransferase / Golgi medial cisterna membrane / Golgi trans cisterna membrane / N-acetylneuraminate metabolic process / シアル酸 / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / trans-Golgi network membrane / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase family 29 / Glycosyl transferase family 29 / Sialyltransferase / GT29-like superfamiliy / Glycosyltransferase family 29 (sialyltransferase) / sialyltransferase cstii, chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / HYDROXY(2-HYDROXYPHENYL)OXOAMMONIUM / CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Rao, F.V. / Rich, J.R. / Raikic, B. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Insight Into Mammalian Sialyltransferases.
著者: Rao, F.V. / Rich, J.R. / Rakic, B. / Buddai, S. / Schwartz, M.F. / Johnson, K. / Bowe, C. / Wakarchuk, W.W. / Defrees, S. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2009年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年12月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5954
ポリマ－34,7481
非ポリマー8473
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.987, 78.347, 99.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3-sialyltransferase 1


分子量: 34747.945 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 46-343 COMPND 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ST3GAL1 / プラスミド: PCWIN2-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI2 / 参照: UniProt: Q02745
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen / Thomsen–Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 抗原抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP / シチジル酸


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#4: 化合物 ChemComp-CG3 / HYDROXY(2-HYDROXYPHENYL)OXOAMMONIUM / 2-ニトロフェノ-ル


分子量: 140.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 30% PEG 4000 AND 0.1 M MES, PH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 52716 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WML

2wml


解像度: 1.55→14.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.863 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21339 1876 5 %RANDOM
Rwork0.17536 ---
obs0.17728 35709 84.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.632 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→14.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 0 56 365 2652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3131.9663349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3375293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02423.136118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56715412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9721519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2560.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.551→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 131 -
Rwork0.419 2430 -
obs--80.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0752-0.01810.00860.1791-0.05560.4918-0.00050.0102-0.00240.0049-0.0153-0.00270.0210.0090.01580.02090.004-0.00220.033-0.00450.040917.496522.553137.3215
20.115-0.00360.04240.383-0.07840.5595-0.0130.0056-0.00070.0174-0.02950.005-0.0003-0.0260.04250.0028-0.00070.00170.0272-0.00420.030315.362524.40938.0463
32.4097-0.96381.88931.7494-2.31013.2545-0.00450.12860.1410.1398-0.1244-0.0555-0.1670.21160.12880.014-0.0174-0.00660.09460.02050.066730.24226.862738.1372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 305
2X-RAY DIFFRACTION1A317 - 343
3X-RAY DIFFRACTION2A2001 - 2365
4X-RAY DIFFRACTION3A1344 - 1347

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る