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- PDB-2vzg: Crystal structure of the C-terminal calponin homology domain of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vzg
タイトルCrystal structure of the C-terminal calponin homology domain of alpha- parvin in complex with paxillin LD2 motif
要素
  • Alpha-parvin
  • Paxillin
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN / CELL MEMBRANE (細胞膜) / METAL-BINDING / CYTOSKELETON (細胞骨格) / CELL JUNCTION (細胞結合) / ACTIN-BINDING / MEMBRANE (生体膜) / LD2 MOTIF / LIM DOMAIN / PHOSPHOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin-mediated cell contraction / smooth muscle cell chemotaxis / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / Cell-extracellular matrix interactions / neuropilin binding / outflow tract septum morphogenesis / signal complex assembly / heterotypic cell-cell adhesion ...actin-mediated cell contraction / smooth muscle cell chemotaxis / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / Cell-extracellular matrix interactions / neuropilin binding / outflow tract septum morphogenesis / signal complex assembly / heterotypic cell-cell adhesion / 血管新生 / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase inhibitor activity / cilium assembly / endothelial cell migration / Smooth Muscle Contraction / GAB1 signalosome / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / Z disc / cellular response to reactive oxygen species / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 遊走 / cell-cell junction / マイクロフィラメント / lamellipodium / actin binding / 細胞皮質 / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein phosphatase binding / protein stabilization / 細胞接着 / cadherin binding / focal adhesion / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Parvin / Paxillin / : / : / Paxillin family / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. ...Parvin / Paxillin / : / : / Paxillin family / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Paxillin / Alpha-parvin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lorenz, S. / Vakonakis, I. / Lowe, E.D. / Campbell, I.D. / Noble, M.E.M. / Hoellerer, M.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the interactions between paxillin LD motifs and alpha-parvin.
著者: Lorenz, S. / Vakonakis, I. / Lowe, E.D. / Campbell, I.D. / Noble, M.E. / Hoellerer, M.K.
履歴
登録2008年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / struct_biol / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paxillin
B: Alpha-parvin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0989
ポリマ－17,4432
非ポリマー6557
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.008, 94.422, 41.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2023-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質・ペプチド Paxillin /


分子量: 2287.571 Da / 分子数: 1 / 断片: PAXILLIN LD1 MOTIF, RESIDUES 141-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PXN / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P49023
#2: タンパク質 Alpha-parvin / Actopaxin / CH-ILKBP / Calponin-like integrin-linked kinase-binding protein / Matrix-remodeling- ...Actopaxin / CH-ILKBP / Calponin-like integrin-linked kinase-binding protein / Matrix-remodeling-associated protein 2


分子量: 15155.380 Da / 分子数: 1
断片: C-TERMINAL CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 242-372
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARVA, MXRA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVD7

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非ポリマー , 4種, 72分子

#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 40% (W/V) PEG200, 0.1 M CITRATE PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.968
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.71 Å / Num. obs: 13920 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VZC

2vzc


解像度: 1.8→58.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.158 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 690 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.187 13218 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→58.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1149 0 43 65 1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2252.0231983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4015188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43325.23165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53615278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.915156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5571.5886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9321423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.563625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2224.5554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.347 53
Rwork0.255 965
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.14380.123-0.16171.3746-0.06593.6838-0.0089-0.0696-0.08010.0197-0.02230.0817-0.0681-0.14920.0311-0.1653-0.0110.0005-0.1499-0.0006-0.1427-12.732-13.627-0.33
242.654-8.42014.247812.0463-2.4449.70810.5851-0.5105-1.48440.8002-0.18310.6299-0.14330.2189-0.4020.0217-0.03790.0143-0.1212-0.0001-0.02-18.942-13.12318.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B247 - 372
2X-RAY DIFFRACTION2A5 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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