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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vnk | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF THE FERREDOXIN-NADP(H) REDUCTASE FROM RHODOBACTER CAPSULATUS IN COMPLEX WITH NADP. FORM III AT 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | NADPH\:FERREDOXIN REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / RHODOBACTER CAPSULATUS / FERREDOXIN(FLAVODOXIN)-NADP(H) REDUCTASE / NADP / FLAVOPROTEINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavodoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / heme catabolic process / cellular response to oxidative stress / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Perez-Dorado, I. / Hermoso, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009 タイトル: Coenzyme Binding and Hydride Transfer in Rhodobacter Capsulatus Ferredoxin/Flavodoxin Nadp(H) Oxidoreductase. 著者: Bortolotti, A. / Perez-Dorado, I. / Goni, G. / Medina, M. / Hermoso, J.A. / Carrillo, N. / Cortez, N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: The Feredoxin-Nadp(H) Reductase from Rhodobacter Capsulatus: Molecular Structure and Catalytic Mechanism 著者: Nogues, I. / Perez-Dorado, I. / Frago, S. / Bittel, C. / Mayhew, S. / Gomez-Moreno, C. / Hermoso, J.A. / Medina, M. / Cortez, N. / Carrillo, N. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Ferredoxin-Nadp(H) Reductase from Rhodobacter Capsulatus 著者: Perez-Dorado, I. / Bittel, C. / Cortez, N. / Hermoso, J.A. #3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003 タイトル: The Oxidant-Responsive Diaphorase of Rhodobacter Capsulatus is a Ferredoxin (Flavodoxin)-Nadp(H) Reductase 著者: Bittel, C. / Tabares, L.C. / Armesto, M. / Carrillo, N. / Cortez, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vnk.cif.gz | 237.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vnk.ent.gz | 190.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vnk_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vnk_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2vnk_validation.xml.gz | 52.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vnk_validation.cif.gz | 72.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/2vnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/2vnk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30436.889 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア) 株: 37B4 / Variant: DSM938 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9L6V3, ferredoxin-NADP+ reductase #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→49.21 Å / Num. obs: 122712 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.12 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BGI 解像度: 1.93→49.21 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: THE FIRST 15 RESIDUES OF THE POLYPEPTIDE CHAIN AND THE NMN MOIETY OF THE NADP ARE NOT INCLUDED IN THE CHAINS A, B, C AND D OF THE MODEL DUE TO THEY ARE NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY ...詳細: THE FIRST 15 RESIDUES OF THE POLYPEPTIDE CHAIN AND THE NMN MOIETY OF THE NADP ARE NOT INCLUDED IN THE CHAINS A, B, C AND D OF THE MODEL DUE TO THEY ARE NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY MAP. RESIDUES 270-272 OF CHAINS B AND D ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL DUE TO POOR QUALITY OF THE ELECTRON DENSITY MAP IN THESE POSITIONS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.772 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→49.21 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
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