+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vkl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray crystal structure of the intracellular Chorismate mutase from Mycobactrerium Tuberculosis in complex with malate | ||||||
要素 | RV0948C/MT0975 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / HELICAL / TUBERCULOSIS (結核) / INTRACELLULAR / CHORISMATE MUTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Okvist, M. / Roderer, K. / Sasso, S. / Kast, P. / Krengel, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2009 タイトル: Structure and Function of a Complex between Chorismate Mutase and Dahp Synthase: Efficiency Boost for the Junior Partner. 著者: Sasso, S. / Okvist, M. / Roderer, K. / Gamper, M. / Codoni, G. / Krengel, U. / Kast, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vkl.cif.gz | 43.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2vkl.ent.gz | 31.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vkl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkl | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10107.812 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 16-105 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PKTCMM-H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA13 参照: UniProt: P64767, UniProt: P9WIC1*PLUS, chorismate mutase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MLT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.5 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 9 / 詳細: 0.1M MMT BUFFER PH 9, 25% W/V PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月4日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20.76 Å / Num. obs: 9314 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 6.62 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.81 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 6.47 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→18.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.057 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.71 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.98 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|