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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2viu | |||||||||
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タイトル | INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ | |||||||||
要素 | (HEMAGGLUTININヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | HEMAGGLUTININ (ヘマグルチニン) / ENVELOPE PROTEIN (エンベロープ (ウイルス)) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Bizebard, T. / Fleury, D. / Gigant, B. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Antigen distortion allows influenza virus to escape neutralization. 著者: Fleury, D. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M. / Bizebard, T. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Structure of Influenza Virus Haemagglutinin Complexed with a Neutralizing Antibody 著者: Bizebard, T. / Gigant, B. / Rigolet, P. / Rasmussen, B. / Diat, O. / Bosecke, P. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: Refined Three-Dimensional Structure of the Fab Fragment of a Murine Iggl, 著者: Bizebard, T. / Daniels, R. / Kahn, R. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Skehel, J.J. / Knossow, M. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1981 タイトル: Structure of the Haemagglutinin Membrane Glycoprotein of Influenza Virus at 3 A Resolution 著者: Wilson, I.A. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2viu.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2viu.ent.gz | 89.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2viu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/2viu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/2viu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36077.512 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN A, T131I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BROMELAIN DIGESTED 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A 生物種: Influenza A virusA型インフルエンザウイルス 株: X31 解説: A REASSORTANT INFLUENZA STRAIN CONTAINING A/AICHI/68 (H3N2) HEMAGGLUTININ 参照: UniProt: P03437 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 20212.350 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN A, T131I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BROMELAIN DIGESTED 由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) 株: X31 解説: A REASSORTANT INFLUENZA STRAIN CONTAINING A/AICHI/68 (H3N2) HEMAGGLUTININ 参照: UniProt: P03437 | ||
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月8日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 36234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 163053 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→9 Å / σ(F): 0 詳細: THERE IS ONE MONOMER OF THE TRIMERIC HEMAGGLUTININ MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE MONOMER OF HEMAGGLUTININ CONSISTS OF TWO CHAINS, IDENTIFIED AS HA1 AND HA2 BY THE THE DEPOSITORS. ...詳細: THERE IS ONE MONOMER OF THE TRIMERIC HEMAGGLUTININ MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE MONOMER OF HEMAGGLUTININ CONSISTS OF TWO CHAINS, IDENTIFIED AS HA1 AND HA2 BY THE THE DEPOSITORS. CHAINS HA1 AND HA2 HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*, RESPECTIVELY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.213 / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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