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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vb0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of coxsackievirus B3 proteinase 3C | ||||||
要素 | POLYPROTEIN 3BCD | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CHYMOTRYPSIN-LIKE FOLD / AG7088 / RNA-BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / PICORNAVIRIDAE / CYSTEINE PROTEASE (システインプロテアーゼ) / HUMAN ENTEROVIRUS B | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...: / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | COXSACKIEVIRUS B3 (コクサッキーウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Anand, K. / Mesters, J.R. / Goerlach, R. / Zell, R. / Hilgenfeld, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Coxsackie Virus B3 Proteinase 3C 著者: Anand, K. / Mesters, J.R. / Goerlach, R. / Zell, R. / Hilgenfeld, R. #1: ジャーナル: RNA / 年: 2002 タイトル: Determinants of the Recognition of Enteroviral Cloverleaf RNA by Coxsackievirus B3 Proteinase 3C. 著者: Zell, R. / Sidigi, K. / Bucci, E. / Stelzner, A. / Gorlach, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vb0.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vb0.ent.gz | 35.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vb0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20374.410 Da / 分子数: 1 / 断片: 3C PROTEINASE, RESIDUES 14-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BETA-MERCAPTOETHANOL LINKED TO ACTIVE-SITE CYSTEINE 由来: (組換発現) COXSACKIEVIRUS B3 (コクサッキーウイルス) 株: NANCY / プラスミド: PET23A-3CSTOP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q90092, UniProt: P03313*PLUS, picornain 3C |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.804 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.804 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→35.36 Å / Num. obs: 6931 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.95 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HAV 3CPRO 解像度: 2.4→35.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 9.986 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.715 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.36 Å
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拘束条件 |
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