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万見
- PDB-2v6z: Solution Structure of Amino-Terminal Domain of Human DNA Polymera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6z
タイトルSolution Structure of Amino-Terminal Domain of Human DNA Polymerase Epsilon Subunit B
要素DNA POLYMERASE EPSILON SUBUNIT 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / DNA REPLICATION (DNA複製) / DNA POLYMERASE EPSILON / DPOE2 / AAA PROTEIN FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


epsilon DNA polymerase complex / DNA replication initiation / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Activation of the pre-replicative complex / error-prone translesion synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER ...epsilon DNA polymerase complex / DNA replication initiation / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Activation of the pre-replicative complex / error-prone translesion synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA複製 / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / DNA binding / 核質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon subunit B, N-terminal / DNA polymerases epsilon N terminal / DNA polymerase epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nuutinen, T. / Fredriksson, K. / Tossavainen, H. / Pospiech, H. / Pirila, P. / Permi, P. / Annila, A. / Syvaoja, J.E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: The Solution Structure of the Amino-Terminal Domain of Human DNA Polymerase Epsilon Subunit B is Homologous to C-Domains of Aaa+ Proteins.
著者: Nuutinen, T. / Tossavainen, H. / Fredriksson, K. / Pirila, P. / Permi, P. / Pospiech, H. / Syvaoja, J.E.
履歴
登録2007年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年7月24日Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
改定 2.02018年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / pdbx_nmr_spectrometer / struct
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.page_last / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.title
改定 2.12020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA POLYMERASE EPSILON SUBUNIT 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0881
ポリマ－11,0881
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300LOWEST NOE RESTRAINT VIOLATION ENERGIES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE EPSILON SUBUNIT 2 / / DNA POLYMERASE II SUBUNIT 2 / DNA POLYMERASE EPSILON / SUBUNIT B / DPOE2


分子量: 11087.515 Da / 分子数: 1 / 断片: AMINO TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-75 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56282, DNAポリメラーゼ
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN M, CYS 74 TO SER
配列の詳細MGSSHHHHHHSQDPNSSSARLQVD IS NON-BIOLOGICAL SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D-15N-SEPARATED NOESY
1213D 13C-SEPARATED NOESY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.7 MM PROTEIN
2155 MM NACL
325 MM TRIS-HCL
425 MM IMIDAZOLE
51.25 MM EDTA
693% H2O, 7% D2O
試料状態pH: 6.62 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber8D.A.CASE,T.A.DARDEN,T.E CHEATHAM III,C.L. SIMMERLING,J.WANG,R.E.DUKE,R.LUO,K.M.MERZ, B.WANG,D.A.PEARLMAN,M.CROWLEY,S.BROZELL, V.TSUI,H.GOHLKE,J.MONGAN,V.HORNAK,G.CUI, P.BEROZA,C.SCHAFMEISTER,J.W.CALDWELL,W.S.ROSS精密化
CYANA構造決定
Amber8構造決定
PROCHECK / PROCHECK-NMRNMR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1488 DISTANCE RESTRAINTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST NOE RESTRAINT VIOLATION ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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