+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v11 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Renin with Inhibitor 6 | ||||||
要素 | RENIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOPROTEIN / INHIBITOR-COMPLEX / ASPARTYL PROTEASE / ZYMOGEN / PROTEASE / POLYMORPHISM / ALTERNATIVE SPLICING / HYDROLASE(ACID PROTEINASE) / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / cell maturation / response to immobilization stress / amyloid-beta metabolic process ...renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / cell maturation / response to immobilization stress / amyloid-beta metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / response to cAMP / insulin-like growth factor receptor binding / kidney development / regulation of blood pressure / cellular response to xenobiotic stimulus / male gonad development / apical part of cell / peptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Rahuel, J. / Rasetti, V. / Maibaum, J. / Rueger, H. / Goschke, R. / Cohen, N.C. / Stutz, S. / Cumin, F. / Fuhrer, W. / Wood, J.M. / Grutter, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structure-Based Drug Design: The Discovery of Novel Nonpeptide Orally Active Inhibitors of Human Renin 著者: Rahuel, J. / Rasetti, V. / Maibaum, J. / Rueger, H. / Goschke, R. / Cohen, N.C. / Stutz, S. / Cumin, F. / Fuhrer, W. / Wood, J.M. / Grutter, M.G. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1991 タイトル: The Crystal Structures of Recombinant Glycosylated Human Renin Alone and in Complex with a Transition State Analog Inhibitor. 著者: Rahuel, J. / Priestle, J.P. / Grutter, M.G. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v11.cif.gz | 120.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2v11.ent.gz | 98 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v11.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2v11_validation.pdf.gz | 497.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2v11_full_validation.pdf.gz | 536.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2v11_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2v11_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/2v11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/2v11 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P00797, renin #2: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 % |
---|---|
結晶化 | pH: 3 / 詳細: pH 3.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: DELFT INSTRUMENTS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→10 Å / Num. obs: 17263 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: B-FACTORS WERE NOT REFINED AND A CONSTANT VALUE IS ASSIGNED IN THE COORDINATE-FILE
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|