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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uzy | ||||||
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タイトル | Structure of the human receptor tyrosine kinase Met in complex with the Listeria monocytogenes invasion protein inlb: low resolution, Crystal form II | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/RECEPTOR / LEUCINE RICH REPEAT (ロイシンリッチリピート) / RECEPTOR ECTODOMAIN / HEPATOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR / ATP-BINDING / TRANSFERASE (転移酵素) / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / VIRULENCE FACTOR (病原性因子) / DISEASE MUTATION / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / PROTO-ONCOGENE (がん遺伝子) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / LEUCINE-RICH REPEAT (ロイシンリッチリピート) / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / TYROSINE-PROTEIN KINASE / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / LRR / HGFR / KINASE (キナーゼ) / MEMBRANE (生体膜) / RECEPTOR (受容体) / INTERNALIN (インターナリン) / SIGNALING PROTEIN-RECEPTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis ...hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET receptor recycling / 膵臓 / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / 食作用 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / peptidoglycan-based cell wall / basal plasma membrane / negative regulation of autophagy / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / liver development / molecular function activator activity / Negative regulation of MET activity / 受容体型チロシンキナーゼ / neuron differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 遊走 / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / リン酸化 / lipid binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | LISTERIA MONOCYTOGENES (リステリア・モノサイトゲネス) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Niemann, H.H. / Jager, V. / Butler, P.J.G. / van den Heuvel, J. / Schmidt, S. / Ferraris, D. / Gherardi, E. / Heinz, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007 タイトル: Structure of the Human Receptor Tyrosine Kinase met in Complex with the Listeria Invasion Protein Inlb 著者: Niemann, H.H. / Jager, V. / Butler, P.J.G. / van den Heuvel, J. / Schmidt, S. / Ferraris, D. / Gherardi, E. / Heinz, D.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2uzy.cif.gz | 371.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2uzy.ent.gz | 294.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2uzy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/2uzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/2uzy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32243.818 Da / 分子数: 2 断片: INTERNALIN DOMAIN (CAP, LRR, IR)\: INLB321, RESIDUES 36-321 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (リステリア・モノサイトゲネス) 株: EGD-E / Variant: SEROVAR 12A / プラスミド: PETM30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS (DE3) / 参照: UniProt: P25147, UniProt: P0DQD2*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 81903.047 Da / 分子数: 2 / 断片: SEMA, PSI, IG1, IG2\: MET741, RESIDUES 25-740 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PA71D / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.8.1 発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P08581 構成要素の詳細 | MEDIATES THE ENTRY OF LISTERIA MONOCYTOGENES INTO CELLS. RECEPTOR FOR HEPATOCYTE GROWTH FACTOR AND ...MEDIATES THE ENTRY OF LISTERIA MONOCYTOGE | 配列の詳細 | CHAIN A+C: RESIDUES 33-35 (GAM) REMAIN AFTER TEV CLEAVAGE CHAIN B+D: Y41C AND G344A PROBABLY DUE TO ...CHAIN A+C: RESIDUES 33-35 (GAM) REMAIN AFTER TEV CLEAVAGE CHAIN B+D: Y41C AND G344A PROBABLY DUE TO PCR ERROR. N-TERMINAL ETR LEFT AFTER PROCESSING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: VAPOR DIFFUSION AT 25 DEGREE C IN SITTING-DROPS. 2 UL PROTEIN (8 MG/ML)PLUS 2 UL RESERVOIR (1.4 M NA/K PHOSPHATE, PH 6.5, 10% PEG 2000 MONO-METHYL-ETHER) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→20 Å / Num. obs: 26274 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 5.99 |
反射 シェル | 解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1H6T, 1SHY 解像度: 4→15 Å 詳細: B-FACTORS MODELED SOLELY BY TLS. TOTAL ISOTROPIC B-FACTORS GIVEN. TIGHT NCS ON INDIVIDUAL DOMAINS EMPLOYED THROUGHOUT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→15 Å
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