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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uw0 | ||||||
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タイトル | Structure of PKA-PKB chimera complexed with 6-(4-(4-(4-Chloro-phenyl) -piperidin-4-yl)-phenyl)-9H-purine | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX / CAMP (CAMP) / KINASE (キナーゼ) / MYRISTATE (ミリスチン酸) / TRANSFERASE (転移酵素) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN KINASE INHIBITOR / ATP-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cAMP-dependent protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / negative regulation of protein import into nucleus / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / protein kinase A signaling / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, T.G. / Donald, A. / McHardy, T. / Rowlands, M.G. / Hunter, L.J. / Boyle, R.G. / Aherne, G.W. / Garrett, M.D. / Collins, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007 タイトル: Rapid Evolution of 6-Phenylpurine Inhibitors of Protein Kinase B Through Structure-Based Design 著者: Donald, A. / Mchardy, T. / Rowlands, M.G. / Hunter, L.J. / Davies, T.G. / Berdini, V. / Boyle, R.G. / Aherne, G.W. / Garrett, M.D. / Collins, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2uw0.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2uw0.ent.gz | 73 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2uw0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/2uw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/2uw0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40910.598 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00517 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 5-24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P61925 |
#3: 化合物 | ChemComp-GVK / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 104 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 123 TO ALA ...ENGINEERED |
配列の詳細 | 4 RESIDUES OF THE WILD-TYPE PKA SEQUENCE HAVE BEEN MUTATED TO THE CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→35.2 Å / Num. obs: 28197 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019G / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 4.313 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PIPERIDINE RING OF GVK SHOWS SOME DISORDER, AND CAN ALSO ADOPT THE ALTERNATIVE RING-FLIPPED CHAIR CONFORMATION
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.22 Å
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拘束条件 |
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