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- PDB-2rky: Crystal structure of the fourth and fifth fibronectin F1 modules ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rky
タイトルCrystal structure of the fourth and fifth fibronectin F1 modules in complex with a fragment of staphylococcus aureus fnbpa-1
要素
  • Fibronectin-binding protein
  • Fibronectinフィブロネクチン
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Fibronectin (フィブロネクチン) / 4F15F1 / Beta zipper / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Acute phase (急性期タンパク質) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Extracellular matrix (細胞外マトリックス) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Heparin-binding / Phosphorylation (リン酸化) / Pyrrolidone carboxylic acid (ピログルタミン酸) / Secreted (分泌) / Sulfation / Cell wall (細胞壁) / Peptidoglycan-anchor / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


aggregation of unicellular organisms / negative regulation of monocyte activation / calcium-independent cell-matrix adhesion / negative regulation of transforming growth factor beta production / Fibronectin matrix formation / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / peptidase activator activity / fibrinogen complex ...aggregation of unicellular organisms / negative regulation of monocyte activation / calcium-independent cell-matrix adhesion / negative regulation of transforming growth factor beta production / Fibronectin matrix formation / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / peptidase activator activity / fibrinogen complex / peptide cross-linking / fibrinogen binding / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / biological process involved in interaction with symbiont / Molecules associated with elastic fibres / proteoglycan binding / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / endodermal cell differentiation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / fibronectin binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Non-integrin membrane-ECM interactions / 基底膜 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / ECM proteoglycans / positive regulation of axon extension / Integrin cell surface interactions / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / 細胞外マトリックス / cell-matrix adhesion / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / platelet alpha granule lumen / integrin-mediated signaling pathway / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / regulation of protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / wound healing / response to wounding / GPER1 signaling / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / heparin binding / nervous system development / heart development / regulation of cell shape / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / protease binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞接着 / apical plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Fibronectin binding repeat / Fibronectin binding repeat / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / フィブロネクチンI型ドメイン / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. ...Fibronectin binding repeat / Fibronectin binding repeat / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / フィブロネクチンI型ドメイン / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Kringle-like fold / EGF-like domain signature 1. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / リボン / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / フィブロネクチン / Fibronectin-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bingham, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of fibronectin-binding sites from Staphylococcus aureus FnBPA in complex with fibronectin domains
著者: Bingham, R.J. / Meenan, N.A. / Schwarz-Linek, U. / Turkenburg, J.P. / Garman, E.F. / Potts, J.R.
履歴
登録2007年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin
C: Fibronectin
B: Fibronectin-binding protein
D: Fibronectin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,91310
ポリマ－26,5834
非ポリマー3306
水4,216234
1
A: Fibronectin
D: Fibronectin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4084
ポリマ－13,2922
非ポリマー1162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-9.9 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
2
C: Fibronectin
B: Fibronectin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5056
ポリマ－13,2922
非ポリマー2134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-9.2 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.596, 36.244, 73.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-251-

HOH

21A-255-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fibronectin / フィブロネクチン / Human fibronectin module pair 4F1-5F1


分子量: 10534.699 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 183-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: human / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P02751
#2: タンパク質・ペプチド Fibronectin-binding protein / Staphylococcus aureus fibronectin binding protein / FNBP


分子量: 2757.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 508-530 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 参照: UniProt: P14738
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-HCl, pH8.5, 0.15M Potassium thiocyanate, 20% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月9日
放射モノクロメーター: Daimond (111), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.51 Å / Num. all: 21474 / Num. obs: 21474 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Χ2: 1.858 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1630 / Rsym value: 0.488 / Χ2: 2.048 / % possible all: 98.97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化開始モデル: Previous lower resolution structure

解像度: 1.8→30.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.435 / SU ML: 0.078 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 3.7 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1142 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 22616 --
obs0.183 21474 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1775 0 16 234 2025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.922454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2365224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50724.14994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64615325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5021516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0050.02246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3110.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.42621108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.67331763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1532719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5243689
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 86 -
Rwork0.22 1544 -
all-1630 -
obs-1630 98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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