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- PDB-2qr9: Crystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qr9
タイトルCrystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Complexed with an Oxabicyclic Derivative Compound
要素
  • Estrogen receptorエストロゲン受容体
  • Nuclear receptor coactivator 2核内受容体コアクチベーター2
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Protein-Ligand Complex / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphorylation (リン酸化) / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 ...Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / nuclear glucocorticoid receptor binding / Estrogen-dependent gene expression / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of female receptivity / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / androgen metabolic process / TFIIB-class transcription factor binding / regulation of lipid metabolic process / steroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / positive regulation of phospholipase C activity / DNA polymerase binding / nuclear retinoid X receptor binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / 14-3-3 protein binding / transcription corepressor binding / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of miRNA transcription / response to progesterone / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / 細胞分化 / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / circadian regulation of gene expression / ユークロマチン / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / 概日リズム / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HZ3 / エストロゲン受容体 / 核内受容体コアクチベーター2 / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nettles, K.W. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: NFkappaB selectivity of estrogen receptor ligands revealed by comparative crystallographic analyses
著者: Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Gil, G. / Nowak, J. / Sharma, S.K. / Hahm, J.B. / Kulp, K. / Hochberg, R.B. / Zhou, H. / Katzenellenbogen, J.A. / Katzenellenbogen, B.S. / Kim, Y. / Joachmiak, A. / Greene, G.L.
履歴
登録2007年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7226
ポリマ－61,9334
非ポリマー7892
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-26.6 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.987, 84.002, 58.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 29386.609 Da / 分子数: 2 / 断片: Steroid-binding region, residues 298-554 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / 核内受容体コアクチベーター2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BN74, UniProt: Q61026*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-HZ3 / dimethyl (1R,4S)-5,6-bis(4-hydroxyphenyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]hepta-2,5-diene-2,3-dicarboxylate


分子量: 394.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris 8.5, 0.2M Magnesium Hexahydrate, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月3日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→10 Å / Num. all: 31055 / Num. obs: 31055 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 18.65
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 10.65 / Num. unique all: 3192 / Rsym value: 0.156 / % possible all: 92.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ERD

3erd


解像度: 2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 12.586 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1552 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 30981 89.07 %-
all-29429 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å2-0.35 Å2
2--2.89 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3978 0 58 159 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.9995651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9923.0016761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7975517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14923.929168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.05315772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5411522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02775
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.22064
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8381.52632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1711.51020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31524083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93331733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9944.51559
LS精密化 シェル解像度: 2→2.045 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 123 -
Rwork0.263 2211 -
all-2334 -
obs-2211 94.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5861-0.35843.86352.8448-0.50234.9673-0.44720.5275-0.3003-0.45290.25430.0393-0.2927-0.05220.19290.2235-0.07140.11380.1525-0.02040.032416.6289-0.4695-9.566
21.4203-0.12411.20143.18080.49253.1186-0.06680.1542-0.1257-0.339-0.019-0.00750.00610.0090.08580.2634-0.0320.10450.0997-0.00180.080611.6336-2.6855-6.6746
33.9888-0.80311.01315.4254-0.91771.6633-0.23990.18870.235-0.06130.13110.2237-0.3157-0.10790.10880.29370.00650.06420.11490.02680.055111.61916.57310.444
458.1212-105.48269.0262211.50564.377122.87480.90150.16191.55760.9223-0.0776-3.84681.2461.7081-0.8240.76770.04270.21320.84630.16950.736110.1628-21.00189.3732
53.08660.29851.10441.09290.18921.7855-0.00110.13530.0047-0.1261-0.0050.02930.0538-0.07150.00610.1955-0.00020.09040.11880.02040.12212.1427-3.27123.8661
65.44912.43260.41422.68490.1740.7566-0.0133-0.28910.17220.266-0.02510.26520.04810.10070.03840.21790.02160.08640.1107-0.01520.09160.0853-3.150630.1077
71.86740.3095-0.63872.4331-0.09531.0706-0.0431-0.0863-0.1142-0.01370.04120.02570.02560.00650.00190.19610.01280.07710.11150.010.1242.6568-3.101223.1008
812.97080.0960.69884.5594-6.31938.81180.34270.76960.8672-0.1848-0.68061.1564-1.1728-0.30460.33790.78110.18780.20250.5585-0.01570.54099.917117.96612.6731
93.66960.1729-0.37160.8045-0.20820.1677-0.0149-0.09060.0830.010.00120.01960.0308-0.00080.01370.19240.01350.06710.1433-0.00190.13398.0942-0.040117.8236
1085.479218.481826.974326.426514.913469.9859-0.17654.0621-1.8304-2.56011.11580.0618-0.378-3.0537-0.93940.29370.0012-0.05830.5033-0.0410.2444-7.32446.31559.9402
1167.7077-27.71032.417332.53418.452220.85330.8660.9353-3.4541-1.8904-0.64762.02230.614-0.5861-0.21840.4133-0.0209-0.0561-0.035-0.08780.15927.4111-18.3132-10.9896
1218.38187.9205-12.981725.6236-4.36618.12150.51310.03821.680.22630.09961.6577-0.9903-0.9434-0.61270.15750.06650.13420.0496-0.04850.3197-6.717415.813425.9157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA305 - 3439 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2AA344 - 41048 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3AA411 - 458115 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4AA459 - 468163 - 172
5X-RAY DIFFRACTION5AA469 - 549173 - 253
6X-RAY DIFFRACTION6BB306 - 34610 - 50
7X-RAY DIFFRACTION7BB347 - 45851 - 162
8X-RAY DIFFRACTION8BB459 - 472163 - 176
9X-RAY DIFFRACTION9BB473 - 544177 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10BB545 - 550249 - 254
11X-RAY DIFFRACTION11CC687 - 6962 - 11
12X-RAY DIFFRACTION12DD686 - 6961 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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