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万見
- PDB-2qo3: Crystal Structure of [KS3][AT3] didomain from module 3 of 6-deoxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qo3
タイトルCrystal Structure of [KS3][AT3] didomain from module 3 of 6-deoxyerthronolide B synthase
要素EryAII Erythromycin polyketide synthase modules 3 and 4
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ketosynthase / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / Phosphopantetheine
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / : / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / : / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-CER / EryAII Erythromycin polyketide synthase modules 3 and 4 / 6-deoxyerythronolide-B synthase EryA2, modules 3 and 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Khosla, C. / Cane, E.D. / Tang, Y. / Chen, Y.A. / Kim, C.Y.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and mechanistic analysis of protein interactions in module 3 of the 6-deoxyerythronolide B synthase
著者: Tang, Y. / Chen, Y.A. / Kim, C.Y. / Cane, E.D. / Khosla, C.
#1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure-based dissociation of a type I polyketide synthase module
著者: Chen, Y.A. / Cane, E.D. / Khosla, C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: The 2.7-Angstrom crystal structure of a 194-kDa homodimeric fragment of the 6-deoxyerythronolide B synthase
著者: Tang, Y. / Kim, C.Y. / Mathews, I.I. / Cane, E.D. / Khosla, C.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Reconstituting modular activity from separated domains of 6-deoxyerythronolide B synthase
著者: Kim, C.Y. / Alekseyev, V.Y. / Chen, Y.A. / Tang, Y. / Cane, E.D. / Khosla, C.
履歴
登録2007年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EryAII Erythromycin polyketide synthase modules 3 and 4
B: EryAII Erythromycin polyketide synthase modules 3 and 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,0188
ポリマ－193,3782
非ポリマー6406
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.203, 139.005, 102.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: PHE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 30 - 900 / Label seq-ID: 5 - 875

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 EryAII Erythromycin polyketide synthase modules 3 and 4 / 6 Deoxyerythronolide B Synthase


分子量: 96689.180 Da / 分子数: 2
断片: ketosynthase-acyltransferase didomain of didomain module 3
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: eryAII / プラスミド: PAYC09 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: A4F7P0, UniProt: Q03132*PLUS, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CER / (2S, 3R)-3-HYDROXY-4-OXO-7,10-TRANS,TRANS-DODECADIENAMIDE / CERULENIN / Cerulenin


分子量: 225.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH7.0, 0.2M Li2SO4, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 228717 / Num. obs: 228471 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / Num. unique all: 6207 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 23.423 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.817 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26806 3145 5.1 %RANDOM
Rwork0.21401 ---
obs0.21679 58910 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.19 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12928 0 26 194 13148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02113198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.95917941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.67951732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09422.796583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.235151979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.38815141
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.22020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2670.26436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.28892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3150.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9061.58789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.497213685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34734898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.934.54256
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
3440medium positional0.50.5
2925loose positional0.85
3440medium thermal0.772
2925loose thermal1.8510
LS精密化 シェル解像度: 2.595→2.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 204 -
Rwork0.225 4092 -
obs--95.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13090.0433-0.0551.3079-0.27290.30480.02180.0225-0.03660.0395-0.1008-0.1805-0.06410.0260.079-0.16360.0005-0.0336-0.05160.0057-0.103122.40526.33226.745
20.0344-0.1899-0.02131.44590.20990.10350.01040.0066-0.0020.0028-0.06790.19930.0573-0.00370.0575-0.1101-0.01770.0198-0.0546-0.0141-0.0783-12.642-26.67526.618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA29 - 9084 - 883
2X-RAY DIFFRACTION2BB29 - 9084 - 883

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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